Вильгельм Эдуард Рюппель родился 20 ноября 1794 года во Франкфурт-на-Майне в семье богатого банкира. В юности Рюппель планировал заниматься торговлей. Но в 1817 году он отправился в путешествие по Синайскому полуострову - и это событие в корне изменило его жизненные планы.
Вместо торговли Эдуард отправился изучать зоологию и ботанику в университет Павии, а затем Генуи.
В 1821 году Рюппель провел первую самостоятельную научную экспедицию по тому же Синайскому полуострову. Уже в следующем году он стал первым европейским путешественником, добравшимся до залива Акаба. В 1823 году он собирал образцы растений в Эфиопии. В 1830 году стал первым натуралистом, который пересек Эфиопию.
Уже в 1826 году часть образцов из коллекции Рюппеля была использована Филиппом Якобом Кречмаром в его «Атласе путешествий по Северной Африке». Позже коллекции Рюппеля вошли в состав фонда франкфуртского Музея Зенкенберга – крупнейшего естественноисторического музея Германии.
Дальнейшее германское и мировое признание заслуг Рюппеля было весомым: так, в 1839 году, он стал первым иностранцем, удостоенным золотой медали лондонского Королевского географического общества.
Эдуард Рюппель умер 10 декабря 1884 года во Франкфурте-на-Майне.