Выдающийся физиолог, академик АН УССР (1926), доктор медицины (1877), профессор (1893), заслуженный деятель науки УССР (1926), заслуженный профессор Харьковского университета (1908) родился 25 января 1852 г. в г. Харькове. Его отец, часовой мастер, добившийся самообразованием разносторонних познаний и навыков, дал сыновьям высшее образование.
В.Я. Данилевский учился в Харьковской, затем Казанской гимназии, которую окончил в 1868 г. с золотой медалью. В том же году поступил в Казанский университет на физико-математический факультет, в следующем году перешел на медицинский факультет. В 1870 г. он переехал в Харьков, где продолжал учебу на медицинском факультете университета. Его студенческая научная работа отмечена в 1971 г. золотой медалью. Окончил обучение с отличием в 1874 г. В 1877 г. Василий Яковлевич получил степень доктора медицины после защиты диссертации «Исследования по физиологии головного мозга». В 1878 г. был послан за границу на 2 года для совершенствования своих знаний.
С 1880 г. начал вести преподавание в качестве доцента зоофизиологии в Харьковском ветеринарном институте. С 1882 г. – приват-доцент, а в 1883 г. избран экстраординарным профессором кафедры зоологии физико-математического факультета Харьковского университета, где завершает в 1884 г. начатое Н.Ф. Белецким создание физиологической лаборатории, читает курсы физиологии и гистологии. В 1886 г. был переведен ординарным профессором на медицинский факультет Харьковского университета на кафедру физиологии, став одновременно заведующим физиологической лаборатории факультета, созданной в 1862 г. проф. И.П. Щелковым. Здесь он проработал до 1909 г. В 1908 г. Совет Харьковского университета присвоил ему звание заслуженного профессора.
В 1910 г В.Я. Данилевский стал директором основанного Харьковским медицинским обществом Женского медицинского института, созданию которого как председатель организационного комитета отдал много сил и энергии. В 1912 г. ушел в отставку с поста директора, оставшись преподавателем физиологии в этом институте. В 1917 г. возобновилась его профессорская деятельность на кафедре физиологии в Харьковском университете, а затем, с 1921 г., в Харьковском медицинском институте и продолжалась до 1926г.
В 1919 г. по инициативе Василия Яковлевича Харьковское медицинское общество организовало органо-терапевтический институт (сейчас – Институт фармакотерапии эндокринных заболеваний). Его директором некоторое время был академик В.Я. Данилевский. Вскоре он оставил эту должность, но продолжал руководить научно-исследовательским сектором института до конца жизни. В 1922 г. по его инициативе был создан Украинский институт труда (ныне Харьковский НИИ гигиены труда и профзаболеваний).
Василий Яковлевич внес существенный вклад в разработку физиологии головного мозга, электрофизиологии и электроэнцефалографии, эндокринологии, физиологии труда. Он является автором 217 научных работ, среди которых несколько монографий и капитальное двухтомное руководство «Физиология человека» (в трех книгах, 1913-1915 гг.). Его работы отмечены многими премиями: им. Монтьена от Парижской Академии наук (1889), им. К. Бэра от Петербургской Академии наук (1894), им. Хойнацкого от Варшавского университета (1900), им. Юшенова от Военно-медицинской академии (1902), медалью в память Мари Кингсли от Института тропической медицины в г. Ливерпуле (1907).
Известно, как Василий Яковлевич занимался подготовкой учебных пособий. Каждый учебный год он по очереди выделял один из разделов и читал его в большем объеме, чем остальные. Этот раздел им писался, многократно исправлялся, чтобы стать полноценной частью будущего учебника. Вследствие такой тщательной подготовки, Василий Яковлевич смог окончательно оформить и издать некоторые учебники лишь через несколько лет после ухода из университета. Зато лекции, как вспоминают бывшие его ученики, слушались с захватывающим интересом. «Ваши увлекательные речи, лекции и учебник сеяли и сеют физиологические, столь необходимые для здорового, разумного существования сведения по родной стране. Радостно иметь такое прошлое» - писал В.Я. Данилевскому в 1934 г. И.П. Павлов в честь 60-летия научной деятельности ученого.
В.Я. Данилевский был выдающимся общественным деятелем. Он принял активное участие в создании Харьковской общественной библиотеки (ныне библиотека им. В.Г. Короленко), бесплатных библиотек в рабочих окраинах г. Харькова, сельских библиотек в Харьковской губернии. Широкую деятельность он развил в Харьковском обществе грамотности: он был инициатором, редактором и организатором издания «Народной энциклопедии. Вместе с братом биохимиком А.Я. Данилевским, членом-корреспондентом Петербургской АН, он предпринял первую в Россию попытку издания физиологического журнала, в 1888 и 1891 г. вышли под его редакцией два тома «Физиологического сборника».
В апреле 1921 г. вышло Постановление Совнаркома УССР о всестороннем обеспечении профессора В.Я. Данилевского, что должно было создать условия для дальнейшего продолжения его работ. Он активно участвовал в деятельности Научного комитета Наркомпроса УССР, Ученого совета Наркомздрава УССР. В 1921 г. он работал в Совете по рассмотрению проекта реформы медицинского образования, опубликовал свой проект института для усовершенствования врачей.
Умер Василий Яковлевич Данилевский 25 февраля 1939 г. в г. Харькове. Его прах покоится в колумбарии Пушкинского кладбища.