Один из организаторов судостроительной отрасли СССР, директор Черноморского судостроительного завода. Ему были выданы 5 авторских свидетельств Государственным комитетом СССР по делам изобретений и открытий.
В 1958 году окончил Николаевский кораблестроительный институт, после чего начал работать на ЧСЗ.
В 1963 году стал мастером спорта СССР по парусному спорту.
В 1979 году выбран на должность генерального директора ЧСЗ по рекомендации предыдущего директора — Анатолия Борисовича Ганькевича, который уходил на пенсию. Под руководством Ю. И. Макарова было построено более 500 гражданских, рыбопромысловых, научно-исследовательских судов, военных кораблей. Среди них — тяжелые авианесущие крейсеры «Минск», «Баку», «Адмирал флота Кузнецов», рыболовецкие траулеры типа «Маяковский», «Пулковский меридиан», научно-исследовательские — «Академик Книпович», «Академик Сергей Королёв», первый военный корабль независимой Украины — «Славутич».
3 декабря 1992 года был избран академиком Академии инженерных наук Украины.
Награды
* 1979 — Нагрудный знак президиума центрального правления НТО имени академика А. Н. Крылова «Лучшему активисту научно-технического общества СССР».
* 30 марта 1982 — Знак «Отличник народного образования УССР».
* 22 февраля 1989 — Почётная медаль Советского фонда мира.
* 1989 — Премия советских профсоюзов «За активное участие в комплексном решении вопросов социального развития».
* 26 августа 1994 — почётный гражданин Николаева (решением городского совета № 418)
* 7 сентября 1994 — орден, присвоенный указом президента Украины, «За заслуги» III степени — «за заслуги в развитии отечественного судостроения».
* Большая и малая золотые и три серебряные медали ВДНХ СССР за достигнутые успехи в развитии народного хозяйства СССР.
* Медаль имени Юрия Гагарина «За активное содействие в развитии экспериментальной базы Центра подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина»
* Наградной диплом, подписанный начальником Центра подготовки космонавтов Г. Т. Береговым.
* Орден Октябрьской Революции.
* Орден Трудового Красного Знамени.
* Первый Золотой знак Союза промышленников и предпринимателей Украины.
* Почётная грамота Президиума Верховного Совета УССР.
* Юбилейная медаль имени академика В. Н. Челомея «За участие в космических программах».
Увековечение памяти
* 22 февраля 2002 — Решением сессии горсовета сквер на Намыве назван в честь Ю. И. Макарова, как основателя этого микрорайона.
* Решением управления по физической культуре, спорту и туризму облгосадминистрации учреждён переходящий кубок по парусному спорту памяти Ю. И. Макарова.
* Сухогруз «Юрий Макаров», построенный на заводе «Дамен Шипярдс Океан».