Окончил гимназию в Брно в 1869, переехал в Вену. Учился в Академической гимназии, в 1872 поступил в Венский университет. Во время учебы в университете публиковал статьи в чешском ежемесячном журнале «Просвещение» («Osveta»). Был наставником сына банкира, жил в Италии, затем в Лейпциге. В 1876 получил звание доктора философии.
В 1878 представил на рассмотрение в Венский университет трактат Самоубийство как общественно-массовое явление современной цивилизации.
В 1882 занял пост профессора философии Пражского университета. В 1883–1891 Масарик издавал ежемесячный журнал «Атенеум» («Athenaeum»), в котором впервые изложил свою программу развития чешской культуры. В 1879 в чешском обществе возобновилась дискуссия об аутентичности двух предположительно древних славянских поэтических рукописей, открытых в 1817, в 1886 в нее включился Масарик, который считал их поддельными и подчеркивал, что опора на подобного рода документы наносит вред патриотическому движению.
В 1890 Масарик, ранее состоявший членом старочешской, а затем младочешской партий, организовал либеральную партию Реалистов. В следующем году был избран в австрийский рейхсрат, а в 1892 – в богемский ландтаг, выступал по вопросам образования и расширения автономии Чехии в составе Австро-Венгрии. Два года спустя разошелся во мнениях с руководством своей партии и сложил с себя депутатские полномочия.
Издавал либеральный ежемесячник «Наше время» («Našé doba»), написал труды по социальным и философским проблемам – Чешский вопрос (1895), Ян Гус (1896), Карел Гавличек (1896), Философские и социологические основы марксизма (1898).
В эти годы Масарик высказывал идею объединения чешского народа и получил широкую известность как борец за права евреев. В 1899 и 1900 в журнале «Наше время» защищал еврея Л.Гильснера, обвиненного в ритуальном убийстве; благодаря усилиям Масарика судебный процесс был возобновлен, а смертный приговор отменен за недоказанностью факта преступления. В 1900 Масарик основал т.н. Народную партию, позднее переименованную в Прогрессивную партию, программа которой включала требования о равенстве языков, большей автономии для Чехии, союзе между чехами и словаками.
Масарик вернулся в парламент в 1907. В 1908 конфликт между Австро-Венгрией и Сербией вылился в Аграмский (Загребский) судебный процесс, в ходе которого Масарик смог доказать поддельность австрийских документов, послуживших основанием для привлечения сербов к суду. В итоге к суду был привлечен венский историк Г.Фридъюнг, публиковавший антисербские статьи. Масарик сумел доказать, что Фридъюнг некритически воспринимал документы, сфабрикованные в канцелярии министра иностранных дел Австрии князя фон Эренталя. Масарик вернулся в парламент в 1913 – в год выхода в свет его труда Россия и Европа.
В августе 1914, вскоре после начала Первой мировой войны, Масарик приступил к организации движения за освобождение Чехословакии. В декабре 1914 он выехал из Австро-Венгрии, вскоре за ним последовал Э.Бенеш. Вместе со словацким астрономом М.Штефаником, жившим во Франции, они создали в Париже Чешский (затем Чехословацкий) национальный совет. Масарик был представителем Совета в Лондоне, где решал двуединую задачу: побудить к совместной работе различные группы чешских и словацких эмигрантов и добиться признания союзными державами Совета в качестве полномочного представителя обоих народов. Важнейшим результатом деятельности Масарика в эмиграции был Питсбургский договор об объединении Чехии и Словакии, подписанный в 1918. 28 октября 1918 в Праге была провозглашена Чехословацкая Республика, а 14 ноября Масарик стал президентом нового государства.
Масарик трижды переизбирался на пост президента – в 1920, 1927 и 1934. В 1934 были восстановлены дипломатические отношения Чехословакии с СССР, а в 1935 заключено соглашение о взаимопомощи.
14 декабря 1935 Масарик ушел в отставку.