Победитель Открытого чемпионата Австралии 2002 года в одиночном разряде; серебряный призёр Олимпийских игр 2008 года в парном разряде; обладатель командного Кубка мира 2008 года в составе сборной Швеции.
Томас Юханссон начал играть в теннис с пяти лет; его первым противником стал его отец Кристер. В 1989 году Томас стал чемпионом Европы среди юниоров (до 14 лет) в одиночном и парном разрядах. В 1991 году, несмотря на травмированный локоть, Томас дошёл до финала юношеского турнира Orange Bowl в возрастной категории до 16 лет, а 1993 год закончил на десятом месте в мировом рейтинге среди юношей. В том же году он провёл свои первые матчи в профессиональных турнирах.
В 1995 году Юханссон выиграл свои первые турниры класса ATP Challenger в одиночном (Иерусалим, Неаполь) и парном (Лиллехаммер, Тампере) разрядах и закончил сезон недалеко от первой сотни рейтинга. На следующий год он дошёл до четвёртого круга на Уимблдоне, а на турнире АТР в Сингапуре взял верх над Рихардом Крайчеком, восьмой ракеткой мира. После Уимблдона он вошёл в сотню сильнейших теннисистов мира, а закончил год на 60-й позиции.
В марте 1997 года Юханссон выигрывает два турнира АТР подряд: в Копенгагене и Санкт-Петербурге. Во второй половине сезона он ещё дважды доходит до полуфиналов в турнирах АТР и закрепляется в числе 50 лучших теннисистов мира. В феврале и марте 1998 года в Антверпене и Роттердаме Юханссон победил ещё двух соперников из первой десятки рейтинга — своего соотечественника Юнаса Бьоркмана и Евгения Кафельникова. Выход в финал турнира в Роттердаме переместил его на 30-е место в рейтинге. Во второй половине года он дошёл до четвертьфинала в Открытом чемпионате США, победив в третьем круге Крайчека, на тот момент пятого в мире, а потом — до финала турнира в Стокгольме. В итоге он закончил год среди двадцати лучших теннисистов мира.
1999 год прошёл для Юханнссона неровно. Он пропустил два месяца, сначала из-за травмы кисти, полученной при игре в футбол, а затем из-за вирусного заболевания. Тем не менее в этом сезоне он выиграл турнир серии АТР Мастерс в Монреале, победив в финале Кафельникова, четвёртую ракетку мира. Начало следующего года прошло неудачно, и до Уимблдона Юханссону не удалось ни разу выиграть два матча подряд. На Уимблдоне он, однако, переломил эту тенденцию и дошёл до четвёртого круга, обыграв по пути Кафельникова. В дальнейшем он второй раз дошёл до четвертьфинала на Открытом чемпионате США, а в конце года, занимая 57-е место в рейтинге, победил на турнире в Стокгольме, одержав победы сразу над тремя теннисистами из первой десятки. Он также принял участие в Олимпийском турнире в Сиднее, но в первом же круге уступил Марку Филиппусису, пятнадцатому в мире.
В 2001 году Юханссон снова выигрывает два турнира подряд, на этот раз на травяных кортах в преддверии Уимблдона. Помимо этого, он помогает команде Швеции дойти до полуфинала Кубка Дэвиса, принеся ей решащее пятое очко в матче с чехами. Он также принёс команде единственное очко в полуфинальном матче с австралийцами, победив в пяти сетах Патрика Рафтера. На протяжении сезона он снова одержал ряд побед над теннисистами из первой десятки рейтинга: Евгения Кафель
никова он победил трижды, в том числе в матче Кубка Дэвиса, а также обыграл вторую ракетку мира Марата Сафина в Индиан-Уэллз и первую ракетку мира Густаво Куэртена в Майами.
В начале 2002 года Юханссон одержал главную победу в карьере, выиграв Открытый чемпионат Австралии по теннису; при этом ему ни разу на протяжении турнира не встретился соперник из первой десятки и только в финале ему противостоял соперник из первой двадцатки, 11-я ракетка мира Сафин. Юханссон стал первым шведом за десять лет, выигравшим турнир Большого шлема в одиночном разряде. После этой победы Юханссон впервые вошёл в число десяти лучших теннисистов мира. Хотя в дальнейшем сезон развивался не так удачно, в конце года Юханссон принял участие в Кубке Мастерс, где, однако, уступил уже в первом круге шестой ракетке мира Федереру.
Весь 2003 год Юханссон пропустил после февральской операции на левом колене. После возвращения он дошёл до полуфинала в Милане, потом до финала в Ноттингеме и полуфинала турнира АТР Мастерс в Торонто, где проиграл Федереру, первой ракетке мира. Во втором круге Открытого чемпионата США он вывел из борьбы десятую ракетку мира, Гастона Гаудио, а в октябре вторично выиграл турнир в Стокгольме, победив в финале Андре Агасси, седьмого в мире на тот момент. За сезон он проделал путь из шестой сотни рейтинга до места среди сорока сильнейших. В 2005 году он вернулся в двадцатку лучших теннисистов мира после успешных выступлений в Роттердаме и Майами, где он победил шестую ракетку мира Карлоса Мойю. На Уимблдоне он дошёл до полуфинала, а осенью второй раз выиграл турнир в Санкт-Петербурге. Ближе к концу сезона у него наладилась и игра в парах, и он за месяц трижды с разными партнёрами выходил в полуфиналы турниров АТР, войдя в итоге в сотню сильнейших и в парном разряде.
Начало сезона 2006 года Юханссон пропустил после операции по восстановлению отслоившейся сетчатки. Тем не менее в июле он сумел выиграть в парах турнир в Бостаде, где его партнёром был Бьоркман. В одиночном разряде он в третий раз вышел в финал в Санкт-Петербурге, но проиграл Марио Анчичу и окончил сезон за пределами первой полусотни рейтинга. В этом сезоне он также был избран в Совет игроков АТР. На следующий год он второй раз за карьеру дошёл со сборной до полуфинала Кубка Дэвиса, выиграв четыре из пяти проведённых встреч, а в конце сезона в четвёртый раз пробился в финал в Стокгольме, победив в полуфинале седьмую ракетку мира Джеймса Блейка (которого перед этим обыграл и в матче Кубка Дэвиса), но проиграв в финале Иво Карловичу. В 2008 году он добился последних важных успехов в карьере, завоевав со сборной Швеции командный Кубок мира в Дюссельдорфе и добравшись в паре с Симоном Аспелином до финала Олимпийского турнира в Пекине. Это был всего лишь второй финал в парном разряде за его карьеру. После этого успеха он сократил количество выступлений и, так и не сумев оправиться от очередной травмы ноги, в июне 2009 года объявил об уходе с корта