Испытал влияние Мельхиора Вольмара, одного из первых последователей Лютера во Франции. В 1548 Беза прибыл в Женеву, где объявил о переходе в протестантизм.
Он преподавал греческий язык и теологию в университетах Лозанны и Женевы, сделался самым верным другом и учеником Кальвина. После смерти Кальвина (1564) Беза был избран его преемником и управлял Женевой в духе ортодоксального кальвинизма, превратив Женевскую теологическую школу в образцовое учебное
заведение. Умер Беза в Женеве 13 октября 1605. Его Юношеские поэмы (Poёmata Juvenilia), опубликованные до обращения в протестантизм, выдвинули его в ряд ведущих латинских поэтов тех дней. Из других сочинений можно назвать Теологические трактаты (Tractationes theologicae), О праве городских властей (
De jure magistratum), Образа (Icones), Богословские послания (Epistolae theologicae), биографию Кальвина. Беза первым опубликовал критическое издание греческого текста Нового Завета и составил множество комментариев к библейским книгам. Он принес в дар Кембриджскому университету новозаветную рукопис