Родился 9 сентября 1949 года в расположенной близ городка Пачитан (провинция Восточная Ява) в семье ревностных мусульман. Его дедушка руководил расположенной там мусульманской религиозной школой-пансионатом.
Бамбанг пошел по стопам отца, дослужившегося до звания лейтенанта, и поступил в 1970 году в военную академию в городе Магеланг. Через три года он окончил её с отличием, получив знаки различия из рук самого президента Сухарто.
Юдхойоно несколько раз проходил курсы военной подготовки в США, в том числе в составе спецназа, и окончил Колледж командования и генерального штаба в Форт-Ливенуорт (штат Техас).
Три раза служил в одной из самых "горячих" точек региона - на Восточном Тиморе. В 1976 участвовал в индонезийской оккупации этой ныне независимой бывшей португальской колонии, а в 1986-88 годах уже командовал там пехотным батальоном.
В 1995-96 гг. - главный военный наблюдатель ООН в Боснии.
В 1996 г. получил звание генерал-майора и принял под командование округ Палембанг на острове Суматра, а затем отвечал за территориальные подразделения вооруженных сил всей страны. Но в результате разногласий с тогдашним командующим вооруженными силами Виранто Юдхойоно пришлось в 1999 году покинуть ряды армии. В том же году ему было присвоено звание генерал-лейтенанта.
Он встал на путь политической карьеры и в 1999 г. возглавил Демократическую партию Индонезии, а также занял должность министра по делам территорий.
В 2000 г. стал министром горнодобывающей промышленности и энергетики в недолговечном правительстве президента Абдуррахмана Вахида, а затем министром-координатором по вопросам политики и безопасности в том же кабинете.
В мае 2001 г. ушёл в отставку, отказавшись ввести в стране чрезвычайное положение по требованию президента Вахида.
После вынесения парламентом импичмента Вахиду Юдхойоно вновь в августе 2001 года занял пост министра-координатора в кабинете пришедшей к власти Мегавати, но впоследствии подверг публичной критике её политику и также подал в отставку.
29 сентября 2004 г., во втором туре президентских выборов, Юдхойоно набрал 60,62% голосов, тем самым одержав победу над Мегавати Сукарнопутри (39,38%).