В 1997 году Шаргунов поступил на факультет журналистики МГУ (международное отделение, телевизионная группа), который окончил в 2002 году. Одновременно с учебой в университете Шаргунов был помощником депутата Государственной Думы РФ тверской журналистки Татьяны Астраханкиной, а позднее стал помощником известного журналиста и депутата Юрия Щекочихина.
В сентябре 2007 года под третьим номером был включен в федеральную тройку партии "Справедливая Россия" для участия в выборах в Государственную Думу пятого созыва. С выборов снят. По мнению журналистов, это произошло по требованию власти.
Сергей Александрович Шаргунов родился 12 мая 1980 года в Москве в семье известного православного богослова и проповедника протоиерея Александра Шаргунова.
В 1997 году Шаргунов поступил на факультет журналистики МГУ (международное отделение, телевизионная группа), который окончил в 2002 году. Одновременно с учебой в университете Шаргунов был помощником депутата Государственной Думы РФ тверской журналистки Татьяны Астраханкиной, а позднее стал помощником известного журналиста и депутата Юрия Щекочихина.
Во время учебы и после окончания университета Шаргунов работал в газетах "Патриот", "Новая газета" (куда его привел Щекочихин) и "Независимая газета" - в последней вел проекты "Свежая кровь" и "Ex Libris НГ", о которых сам впоследствии говорил: "Это не филологические трепетные изыскания, а боль, слепящий свет и красные брызги". Публиковался Шаргунов также в газете "Завтра" (вел колонку "Шаргуновости") и в "Русском журнале". Печатается в газете «Известия», журналах «Новый Мир», «Знамя», «Москва», «Сноб», «Медведь».
В 2007 году сам Шаргунов, оставаясь обозревателем "Независимой газеты", отмечал: "Меня разрывают на части быки "литературы", "политики", "журналистики".
Критики писали, что Шаргунов оказался успешен в литературе. В 2001 году он был удостоен звания лауреата независимой литературной премии "Дебют" в номинации "Крупная проза" за повесть "Малыш наказан" (впоследствии переведенную на итальянский и изданную в Риме). Денежную часть своей премии Шаргунов передал адвокатам находившегося в тот период в тюрьме писателя Эдуарда Лимонова. Передавая деньги, Шаргунов подчеркнул: «Я не нацбол, но решил поддержать заключенного литератора».
В 2003 году молодой писатель получил премию Московского правительства в области литературы. К 2007 году, помимо "Малыша", были опубликованы еще два его крупных произведения - "Ура!" и "Как меня зовут?". В 2008 году вышел книгой роман "Птичий грипп" посвященный молодежным политическим движениям. Тогда же вышла книга публицистики «Битва за воздух свободы».
В 2004 году во время монетизации льгот Шаргунов возглавил оппозиционное движение «Ура!», поддержанное Дмитрием Рогозиным.
В 2007 году, после объединения "Родины", Российской партии пенсионеров и Российской Партии жизни в новую структуру – партию "Справедливая Россия" Шаргунов занял пост и в руководстве партии, став членом Центрального совета "Справедливой России".
В апреле 2007 года в газете "Вечерняя Москва" Шаргунов заявил о том, что собирается стать депутатом. 23 сентября 2007 года, когда съезд "Справедливой России" утверждал списки своих кандидатов для участия в выборах в Госдуму пятого созыва, стало известно, что руководство партии включило Шаргунова в федеральный список под третьим номером.
В октябре 2007 года Шаргунов сообщил через свой интернет-блог, что на него "оказывается давление". Газета "Коммерсант" предположила, что речь, возможно, идет об исключении молодого политика из первой тройки избирательного списка "Справедливой России" (в качестве повода для этого издание называло "неуважительное отношение к президенту Владимиру Путину"). По информации "Коммерсанта", руководители "Справедливой России" обратились к Шаргунову с просьбой покинуть список добровольно, однако он отказался это сделать.
19 октября 2007 года секретарь президиума "Справедливой России" Александр Бабаков сообщил, что Шаргунов исключен из федерального списка партии. "Шаргунов не справился с ответственностью, возложенной на него партией", - отметил Бабаков. При этом он подчеркнул, что в соответствии с законом никто не займет место Шаргунова в федеральной тройке - "просто осталось два человека: Сергей Миронов и Светлана Горячева".
В браке с молодой писательницей Анной Козловой у Шаргунова в 2006 году родился сын - Иван.