Дважды Герой Социалистического Труда (1963, 1974), лауреат Ленинской премии (1965) и Государственной премии СССР, РФ (1978, 2007), кавалер четырёх орденов Ленина (1963, 1970, 1974, 1984), кавалер ордена Октябрьской Революции (1979), действительный член Российской академии наук (1991, АН СССР — с 1981), доктор технических наук.
Сергей Никитич Ковалёв родился 15 августа 1919 года в Петрограде.
После окончания школы, в 1937—1942 годах обучался в Ленинградском кораблестроительном институте. Находясь в эвакуации в период Великой Отечественной войны, закончил обучение в Николаевском кораблестроительном институте.
В 1943 году, после окончания института, направлен на работу в Центральное конструкторское бюро № 18 (ныне именуемое Центральное конструкторское бюро морской техники «Рубин»). В 1948 году переведен в СКБ-143 на должность помощника главного конструктора. C 1954 года становится главным конструктором парогазотурбинной лодки проекта 617.
С 1958 года является Главным (впоследствии Генеральным) конструктором атомных подводных лодок и подводных крейсеров стратегического назначения проектов 658, 658М, 667А, 667Б, 667БД, 667БДР, 667БДРМ и 941. На «Севмаше» по его проектам было построено 73 подводные лодки. В общей сложности по восьми проектам Ковалева были построены 92 подводные лодки
Сергей Никитич Ковалёв умер в Санкт-Петербурге на 92-м году жизни. Вечером, 24 февраля 2011 года он почувствовал себя плохо. Родственники вызвали «Скорую помощь», смерть наступила по пути в больницу.
Первого марта состоялись гражданская панихида в ЦКБ МТ «Рубин» и отпевание в Никольском соборе. Похоронили Ковалева на Красненьком кладбище.
1963, 1974 — дважды Герой Социалистического Труда
7 июля 2003 года — Почётный гражданин Северодвинска
1963, 1970, 1974, 1984 — четыре ордена Ленина
1978 — Орден Октябрьской Революции
1997 — Золотая медаль имени В. Г. Шухова
2003 — Орден «За морские заслуги»
2009 — Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени
1965 — Ленинская премия — за руководство работами по созданию лодок проекта 658 в
1978 — Государственная премия СССР — за руководство работами по созданию кораблей проекта 667БДР
2004 — Премия имени А.Н. Крылова Правительства Санкт-Петербурга — за большой вклад в развитие отечественного судостроения и укрепления связей промышленности с Российской академией наук
2006 — Государственная премия Российской Федерации — за разработку, создание и развитие трёх поколений атомных подводных ракетоносцев.