Награждён двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденами Суворова 2-й степени, Отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, медалями.
Детство и юность провёл в г. Химки Московской области. Окончил коммерческое училище.
В РККА с 1919 г. В 1921 г. окончил Московскую аэрофотограмметрическую школу. В том же году, оставаясь в кадрах РККА, поступил в Московский государственный университет.
С 3.05.22 г. служил в НИИ ВВС. Как наблюдатель-хронометрист участвовал в испытаниях самолётов, успешно разрабатывал методы и средства аэронавигации. Затем стал аэрологом. Отправлял в небо шары-пилоты, шары-зонды, воздушные змеи с барографами, термографами, анемографами. Самопишущие приборы возвращались на землю с ценными сведениями. Данилин высчитывал, составлял сводки, вычерчивал схемы. Став начальником отделения оборудования самолетов, он активно участвовал в создании приборов аэрофоторазведки и решении проблем боевого применения авиации в ночных, высотных и «слепых» полётах, а также бомбометания из-за облаков. Он сконструировал новые приборы для слепых полетов щуп-лот и лот-высотомер, а также разработал первую инструкцию по пилотированию по приборам.
В 1924 г. окончил Московский государственный университет.
В октябре 1929 г. участвовал в дальнем перелете по замкнутому кругу Ленинград – Оренбург - Уфа - Пермь - Вятка - Ярославль - Ленинград, протяженностью более 5000 км. В перелете участвовали тринадцать самолетов.
Это был очень тяжелый перелет. Он осуществлялся осенью, когда едва ли не по всей трассе самолеты попадали то в полосу сплошных туманов, то непрерывных ливней. Первой к финишу пришла флагманская машина Р-1. Она показала прекрасное время, проделав весь путь без единого происшествия. Таких блестящих показателей не имела ни одна машина, участвовавшая в перелете. Флагманский самолет Р-1 пилотировал командир испытательной эскадрильи Козлов, штурманом летел Данилин.
В 1931-35 гг. был флаг-штурманом групп тяжёлых самолётов, участвовавших в воздушных парадах над Москвой.
В 1935 г. написал учебник по аэронавигации.
В 1936 г. был награжден орденом Красной Звезды.
12-14.07.37 г. вместе с Громовым и Юмашевым на АНТ-25 совершил беспосадочный перелёт Москва – Северный полюс – Сан-Джасинто (США), преодолев 10148 км по прямой за 62 часа 17 минут.
В этом полете был установлен абсолютный рекорд дальности полета по прямой, а также два рекорда в классе С (сухопутные самолёты) - полета по прямой и ломанной линии. Был удостоен награды ФАИ за лучшее достижение 1937 г. - медали Анри де Лаво.
1.09.37 г. Данилин Сергей Алексеевич был удостоен звания Герой Советского Союза. После учреждения медали «Золотая Звезда», как особого знака отличия для Героев Советского Союза, ему была вручена медаль № 55. Член ВКП(б) с 1938 г.
Генерал-полковник авиации Громов вспоминает: «Данилин, на мой взгляд, лучший из лучших штурманов: он никогда не блуждал в небе, работал быстро, точно, четко и уверенно».
Газета «Правда» писала о нем: «Среди пилотов, штурманов, механиков, работников института Сергей Алексеевич пользуется большим уважением, авторитетом и любовью. Он располагает к себе исключительной скромностью, отзывчивостью, постоянной готовностью помочь, посоветовать, передать свой колоссальный опыт товарищам по работе. Известно, что авиационный народ трудно удивить хладнокровием. Советские летчики и штурманы не раз демонтировали миру свои изумительные качества. Но даже и в этой среде спокойствие Данилина вызывает у всех чувство особого восхищения. Не один пилот, попадавший с штурманом Данилиным в тяжелые переделки, рассказывал о его исключительной организованности, выдержке и дисциплинированности.
Когда его спрашивают: «Откуда у вас такое хладнокровие, куда деваются ваши чувства - страх, колебания, сомнения?», он отвечает, смеясь: «В полетах мои чувства бывают упрятаны так далеко, что они перестают быть видимыми не только для окружающих, но даже и для меня. В слепом полете, особенно, я просто отказываюсь от своих чувств, ибо доверяться им никак нельзя. Тогда я живу только приборами и своими знаниями, верю только в них. До сих пор они меня не подводили».
Руководитель передового в институте отделения оборудования самолетов, инженер-конструктор, первоклассный аэронавигатор, автор учебника, первого наставления по слепому полету, многочисленных указаний по штурманскому делу, воспитавший не один десяток аэронавигаторов, Сергей Алексеевич освоил еще одну профессию. В баснословно короткий срок он изучил летное дело и управляет теперь сам учебно-тренировочной машиной. Из скромности он рассказывает об этом очень скупо, считая свои самостоятельные полеты сущим пустяком.
- Вы спрашиваете, что для меня в этом перелете нового? Абсолютно все. Условия Арктики, в которых я еще не летал. Необычайная трасса. Большое протяжение пути. Но для меня всякий полет - это большое, новое событие, на котором я продолжаю совершенствоваться. Тем более - полет из Москвы через Северный полюс в Северную Америку. Заранее трудно определить, где и сколько нам придется лететь вслепую, - говорит С.А. Данилин, - но я знаю всю навигационную аппаратуру, как самого себя. Все приборы создавались и испытывались при мне, с моим участием. Я верю им!».
22.02.38 г. Данилину было присвоено воинское звание комбриг.
4.06.40 г. ему было присвоено воинское звание генерал-майор авиации.
Участвовал в Великой Отечественной войне.
28.05.43 г. Данилину было присвоено воинское звание генерал-лейтенант инженерно-авиационной службы.
В 1943-44 гг. он был начальником НИИ спецслужб ВВС, в 1944-51 гг. - заместителем начальника НИИ ВВС и начальником Управления ВВС, в 1951-53 гг. - помощником Главкома ВВС по радиотехнической службе, в 1953-59 гг. – начальником Управления ВВС, в 1959-60 гг. - в научной группе при Главкоме ВВС. С 1960 г. - в отставке.
Умер 28.12.78 г. Похоронен на Кунцевском кладбище в Москве.