Президент самопровозглашенной республики Абхазия. В 1999-2004 годах возглавлял абхазскую энергетическую госкомпанию "Черноморэнерго". В 1997-1999 годах занимал пост председателя правительства Абхазии, в 1995-1997 годах - вице-премьера.
Сергей Васильевич Багапш родился 4 апреля 1949 года в городе Сухуми, столице Абхазской АССР. По национальности - абхаз. В 1971 году окончил Грузинский институт субтропического хозяйства. Во время учебы работал рабочим на винзаводе, инкассатором в банке.
В 1972 году Багапш был назначен начальником агрономического отдела Московского эфиромасличного совхоза. В 1973-1974 годах проходил службу в вооруженных силах. После службы в армии Багапш был направлен на комсомольскую работу, получил должность инструктора Абхазского обкома ВЛКСМ. В 1978 занял пост заведующего сектором информации ЦК ВЛКСМ Грузии, в 1979 году - заведующего отделом рабочей и сельской молодежи ЦК ВЛКСМ Грузии.
С 1980 года Багапш был первым секретарем Абхазского обкома ВЛКСМ Грузии, с 1982 года - первым секретарем Очамчирского райкома компартии Грузии.
По данным ряда СМИ, в 1989 году, когда начались первые столкновения между абхазами и грузинами, Багапш руководил теми, кто решил дать отпором вторжению грузинских формирований в абхазский город Очамчир, и был ранен в шею.
В 1992 году Багапш был назначен первым заместителем председателя совета министров Абхазской АССР. По данным СМИ, во время грузино-абхазской войны 1992-93 годов Багапш во главе сформированного им добровольческого отряда принимал участие в штурме захваченного грузинским военными Сухуми. В 1995 году Багапш стал вице-премьером самопровозглашенной республики Абхазия, в 1997 году - председателем правительства. В 1999 году ушел из правительства и возглавил абхазскую энергетическую госкомпанию "Черноморэнерго".
В 2004 году кандидатура Багапша была выдвинута на пост президента Абхазии партией "Единая Абхазия" и объединением ветеранов грузино-абхазской войны "Амцахара". По информации ряда источников, выдвижение Багапша на место главы Абхазии лоббировал председатель правления РАО ЕЭС Анатолий Чубайс.
3 октября 2004 года состоялись выборы президента Абхазии. Центральная избирательная комиссия Абхазии объявила Багапша, набравшего 50,08 процентов голосов, президентом. Его соперник Рауль Хаджимба не смирился с поражением. Сторонники Хаджимбы в течение нескольких недель проводили митинги протеста по всей Абхазии. Верховный суд Абхазии сначала присудил победу Багапшу, затем пересмотрел свое решение в пользу Хаджимбы. Лишь 6 декабря 2004 года при посредничестве российской стороны было подписано соглашение о мерах по достижению национального согласия. В итоге 12 февраля 2005 года Багапш стал президентом, а Хаджимба - вице-президентом.
14 июня 2006 года на саммите в Сухуми главы Абхазии, Южной Осетии и Приднестровья - Багапш, Эдуард Кокойты и Игорь Смирнов - подписали декларацию о сотрудничестве. В этом документе говорилось о намерении непризнанных республик создать совместные миротворческие силы в том случае, если из зон конфликтов выведут российских миротворцев. Кроме того, в документе подчеркивалось стремление трех постсоветских территорий развивать отношения с Москвой.
26 июля 2006 года во время операции грузинских вооруженных сил в Кодорском ущелье Багапш заявил, что если грузинские войска пересекут границу с Абхазией, то абхазская сторона немедленно откроет огонь.
Багапш женат на Марине Шония, у него есть сын Зураб и дочь Лиана. Жена Багапша работает врачом в Сухуми. Сын окончил Московскую государственную юридическую академию. Был призван в абхазскую армию, служил в чине лейтенанта на абхазско-грузинской границе. Дочь окончила Московскую медицинскую академию имени Сеченова.
Багапш увлекается охотой и садоводством, любит спорт. В молодости занимался баскетболом, участвовал в спартакиаде народов СССР.