Английский чиновник морского ведомства, автор знаменитого дневника о повседневной жизни лондонцев периода Стюартовской Реставрации.
Сын лондонского портного, закончил столичную школу Святого Павла, а затем колледж Магдалины в Кембридже. В 1655 женился на пятнадцатилетней Элизабет Сен-Мишель, дочери обнищавшего французского беженца-гугенота (в 1669 она умерла). Семья начинала жизнь в бедности. Пипс поступил на службу в дом своего дальнего родственника, влиятельного военного и политика сэра Эдварда Монтегю (впоследствии графа Сэндвича), которому во многом обязан последующей карьерой. В самом начале правления Карла II Пипс был в 1660 назначен чиновником королевского флота, с 1665 он — главный инспектор Продовольственной службы, с 1672 — секретарь Адмиралтейства. С 1665 — член Королевского научного общества (в 1684—1686 — его президент).
Пипс был избран в британский Парламент, в 1679 переизбран, но по обвинению в соучастии в заговоре, точнее — по наговору врагов и завистников, уволен и на несколько месяцев заключен в лондонский Тауэр. В 1683 послан с миссией в Танжер, с 1684 — секретарь короля по военно-морским делам, активно содействовал созданию в империи современного флота при Карле, а с 1685 — при Якове II Стюарте. В 1689, после отстранения от власти и бегства из страны короля Якова и восшествия на престол Вильгельма Оранского, Пипс проиграл на парламентских выборах, был вынужден уйти с высокого поста. По подозрению в якобитских симпатиях подвергся кратковременному заключению в 1689 и 1690. Отошел от публичной жизни, а в 1700 покинул Лондон, удалившись в свое имение, где через несколько лет и умер.
Пипс дружил с Исааком Ньютоном и Робертом Бойлем, Джоном Драйденом и Кристофером Реном. Он музицировал, баловался живописью, сочинял стихи. Но его главной книгой стал «Дневник», который он вел в 1660—1669 и в котором с присущей ему добросовестностью воссоздал как всеобщие катастрофы (Великую лондонскую чуму 1665 и знаменитый Великий лондонский пожар 1666), сражения между народами (Вторая англо-голландская война 1665—1667), политические коллизии и придворные дрязги, так и подробности собственного быта, стола, любовных связей и проч. Пипс перестал вести записи из-за проблем со зрением, а диктовать их постороннему лицу не хотел. Его дневник — по политическим и семейным соображениям — был зашифрован по системе Томаса Шелтона и хранился нетронутым в библиотеке колледжа Магдалины до начала XIX в., когда был расшифрован текстологом Джоном Смитом. Впервые издан в 1825.
«Дневник» неоднократно переиздавался как в полном, так и сокращенном виде («Большой» и «малый Пипс»), переводился на многие языки. Он стал незаменимым историческим источником и занимательным материалом для чтения на досуге, которое так любил сам его автор, бывший, среди прочего, крупным библиофилом (его библиотека также отошла колледжу Магдалины,). Увлекательность пипсовского дневника высоко оценил в своем эссе разбиравшийся в увлекательности Роберт Льюис Стивенсон.
Личная жизнь Пипса, его отношения с женой и приключения на стороне, которые в живых подробностях также отражены в «Дневнике», стали в XX в. материалом для нескольких романов, написанных как с точки зрения главы семьи, так и с позиций его молодой супруги. В 2003 по британскому телевидению был показан многосерийный фильм «Частная жизнь Сэмюэла Пипса», в заглавной роли — англичанин Стив Куган, в роли его жены — французская актриса Лу Дуайон).