Окончил в 1908 году Алексеевское военное училище в Москве, а в 1914 году Николаевскую военную академию.
В 1914 году во время Первой мировой войны был капитаном, воевал в составе 6-го Сибирского корпуса, затем служил в оперативном управлении штаба Северного фронта.
Семён Андре́евич Пугачёв родился в 1889 году в Рязани в семье учителя.
Окончил в 1908 году Алексеевское военное училище в Москве, а в 1914 году Николаевскую военную академию.
В 1914 году во время Первой мировой войны был капитаном, воевал в составе 6-го Сибирского корпуса, затем служил в
оперативном управлении штаба Северного фронта.
После революции в апреле 1918 года С. А. Пугачёв добровольно вступил в Красную армию.
Служил в штабе Уральского военного округа, выполнял особые поручения командования, затем был начальником отдела формирования и исполня
л должность начальника штаба округа. С начала 1919 года С. А. Пугачёв был начальником оперативного отдела штаба 2-й армии Восточного фронта, с сентября 1919 года — начальником оперативного управления Особой группы Южного фронта, с октября 1919 года начальником оперативного управления Юго-Восточного
фронта, а с января 1920 года — Кавказского фронта. С марта 1920 по май 1921 был начальником штаба Кавказского фронта. В его задачу входило руководство разработкой оперативных планов по разгрому белых армий на Северном Кавказе.
C июня 1921 года был начальником штаба Отдельной Кавказской армии, и о
дновременно с июля 1922 года являлся помощником наркомвоенмора ЗСФСР.
В августа 1923 года по апрель 1924 года С. А. Пугачёв являлся командующим войсками Туркестанского фронта. Под его руководством осуществлялись активные операции против басмачей на территориях вновь образованных Бухарских и Хивин
ских республик.
С мая 1924 года командовал Кавказской Краснознамённой армией. В 1925—1928 годах был заместителем начальника штаба РККА.
С. А. Пугачёва отличала высокая штабная культура. Являлся одним из активных участников и соратником М. В. Фрунзе по проводимой в СССР в 1924—1925 годах военно
й реформе.
В 1927—1928 годах был военным консультантом в составе советской делегации на Женевской конференции по сокращению вооружений.
В 1928—1930 годах являлся начальником штаба Украинского, а затем Среднеазиатского военных округов.
С сентября 1932 года был начальником Военно-транспортной
академии РККА.
В 1934 году по рекомендации Г. К. Орджоникидзе и С. М. Кирова вступил в ВКП(б).
10 октября 1938 года арестован. На состоявшемся 26 октября 1939 года суде, несмотря на то, что он отказался от данных на предварительном следствии показаний, выбитых из него следователями НКВД под п
ытками, он был приговорен к 15 годам лишения свободы. Умер Семён Андреевич Пугачёв в тюрьме 23 марта 1943 года.
В 1956 г. посмертно реабилитирован.
Был награжден орденом Красного Знамени, орденом Красного Знамени Хорезмской Народной Советской Республики (НСР), орденом Красной Звезд