Подписывавшийся полным именем Рухолла Аль-Мусави Аль-Хомейни Ruhollah Khomeini, родился 20 джамади аль-тани 1320 года по лунному календарю хиджры или 30 шахривара 1281 года по солнечному, принятому в Иране, что приходится на 24 сентября 1902 года, в городке Хомейн, находившемся в центральной части Иранского нагорья, в трехстах километрах к югу от Тегерана.
Уже в самом имени для иранца-шиита заключено много сведений. Рухолла значит "Божий дух". Мусави, перешедшее из имени отца сейида Мустафы Мусави, говорит, что его род восходит к седьмому святому и непорочному имаму Мусе Казему, а следовательно к пророку Мухаммеду.
Сейид Рухолла находился в пятимесячном возрасте, когда его отец был убит.
После смерти отца он находился под покровительством матери и сестры отца. Однако когда мальчику исполнилось 15 лет его мать умерла.
Имам Хомейни получил начальное образование в местных школах. Затем начал изучать арабскую грамматику и логику у своего старшего брата Сейида Мортазы, известного как аятолла Пасандиде. В 1920 г. он поехал в город Арак и начал учиться в религиозной школе этого города, которой руководил аятолла Сейид Абдолькарим Хаэри. До 1926 года он прошел все уровни обучения и под руководством аятоллы Хаэри получил степень муджтахида после чего начал преподавать в Куме.
Широкая и открытая политическая деятельность имама начинается в 1962 году, когда шахский премьер-министр Амир Асадолла Алам утвердил на заседании правительства законопроект об региональных и местных обществах. В законопроекте содержались условия избрания членов этих обществ, которые носили секуляристский характер. В частности, в документе говорилось, что избранные депутаты должны перед началом работы принести клятву на Священном писании, а не на священном Коране. Именно поэтому сведущие улемы и духовные лица развернули широкую борьбу против этого закона, которую возглавил имам Хомейни.
По рекомендации президента США 8 января 1963 года шах объявил о проведение референдума по реформам т.н. "белой революции", а уже 31 января 1963 года имам Хомейни призвал бойкотировать шахский референдум, назвав его не имеющим ценности с точки зрения исламских норм и Конституции страны. После заявления, которое прозвучало за 4 дня до проведения референдума начались широкомасштабные выступления в поддержку имама, однако они были подавлены полицией и шах провел референдум 25 января 1963 года. После этого следовали одна мера за другой, не скупясь на методы шахский режим усиливал давление на духовенство. Вскоре сотрудники САВАК ( Организации информации и безопасности страны) тайно проникли в дом имама и арестовали его, отправив при этом в Тегеран.
Арест Хомейни вызвал массовые выступления в крупнейших городах Ирана. Пробыв в тюремном заключении 2 месяца имам был выпущен под надзор полиции. В сентябре 1964 года в результате усиления американского влияния в Иране и расширения деятельности американских военных советников правительство Хасанали Мансура приняло закон об экстерриториальности американских граждан.
Реакция была незамедлительной. 25 октября, в день рождения шаха имам Хомейни осудил эти действия правительства. Последовал еще один арест и имама отправили в Тегеран, откуда выслали в Турцию. Так началась пятнадцатилетняя разлука с родиной. Одновременно с высылкой имама был арестован и его сын Сейид Мостафа Хомейни и после недолгого тюремного заключения также выслан в Турцию.
В 1965 году имам Хомейни вместе со своим сыном отправился из Турции в Ирак, где продолжил свою борьбу. Важным моментом пребывания имама в Ираке было то, что он не вступал ни в какие отношения с шахским режимом. Найденные документы в архивах САВАК свидетельствуют о том, что имам неоднократно получал такие предложения от режима, но каждый раз отказывался от сотрудничества. 22 октября 1977 года при загадочных обстоятельствах погибает сын имама Мостафа Хомейни, что вызвало широкий резонанс в стране. Имя имама приобретало все больший авторитет в народе и с целью его подрыва 6 января 1978г. по личному приказу Мохамада Резы Пехлеви и его двора в газете "Эттелаат" была напечатана статья с оскорблениями и наговорами в адрес имама Хомейни. Народ не мог вынести таких оскорблений в сторону своего духовного лидера и вышел на манифестации. Вдохновляющие послания и жесткие речи имама Хомейни придали новую силу революционному движению. В поисках укрытия имам отправился сначала в Кувейт, но правительство последнего не приняло его и по совету соратников он поселяется в парижском пригороде Нофль-ле-Шато во Франции. Революционный прорыв в Иране стал очевидным и эти обстоятельства вынудили шаха, под предлогом отдыха, покинуть страну.
Это обстоятельство создало возможность для возвращения имама Хомейни в Иран. 31 января 1979 года после долгих лет изгнания имам вместе с группой своих сторонников вернулся на родину. Приезд имама оказал огромное влияние на обстановку в стране: шахский режим не продержался и 10 дней, 11 февраля 1979 года рухнули все опоры шахского режима и все органы государственной власти перешли в руки революционных сил.
После победы Исламской революции начался новый этап в руководящей роли имама Хомейни для иранского народа.
Был проведен всеобщий референдум о создании Исламской Республики Иран ( Джомхури-йе Ислами-йе Иран). Создавались комиссии и комитеты по различным, важным вопросам управления государством. По указу Хомейни был создан "Корпус стражей Исламской революции".
Аятолла Хомейни стал первым духовным лидером Исламской Республики Иран (ИРИ). Его резиденция находилась в шиитском центре Ирана - г. Куме. Однако в 1980 г., после перенесенного инфаркта, он переехал в пригород Тегерана.Скончался 3 июня 1989 г. Похоронен в Тегеране.