Из крестьян-сектантов. Мать была сказительницей. В юности жил в Соловецком монастыре, ездил по поручению секты хлыстов в Индию, Персию.
Блок, с которым Клюев вступил в переписку в 1907 г., помог публикации его первых стихов. Первая книга "Сосен перезвон" вышла с предисловием Брюсова (1912). Подружился с Есениным, который затем считал его одним из своих учителей. Сблизился с неонароднической группой "Скифы" (Иванов-Разумник, Орешин, Белый, Клычков), которая ждала спасения крестьянства революцией и революции - крестьянством, однако в этих надеждах он вскоре разочаровался. После самоубийства Есенина написал "Плач о Сергее Есенине" (1926), который был вскоре изъят из обращения. На Клюеве выжгли клеймо "кулацкий поэт", перестали печатать. В поэме "Погорельщина" он оплакал уже не Есенина, а всю крестьянскую Русь. В 1933 году был арестован, сослан в Нарым, переведен по ходатайству Горького в Томск, но затем снова арестован. А вскоре был расстрелян. Двадцать лет, до посмертной реабилитации в 1957 году, его имя не упоминалось в СССР, а первая посмертная книга вышла в 1982 году. Во время гласности наконец опубликованы и другие считавшиеся утерянными произведения, в частности поэма "Погорельщина", переданная когда-то самим Клюевым итальянскому слависту Ло Гатто и изданная в 1950-х годах за границей. Эта поэма стала своего рода былиной об уничтожении крестьянства в России. Клюев пишет из ссылки своему другу С. Клычкову: "Я сгорел на своей "Погорельщине", как некогда сгорел мой прадед протопоп Аввакум на костре пустозерском. Кровь моя волей-неволей связует две эпохи - озаренную смолистыми кострами и запалами самосожжений эпоху царя Федора Алексеевича и нашу, такую юную и потому многого не знающую. Я сослан в Нарым, в поселок Колпашев на верную и мучительную смерть". В 1934-м на допросе он показал: "Осуществляемое при диктатуре пролетариата строительство социализма в СССР окончательно разрушило мою мечту о Древней Руси". Наверняка они заставляли его "закладывать" самого себя. Но в данном случае он был искренен. По иронии судьбы именно в архивах КГБ сохранилась "главная", хотя и неоконченная поэма Клюева - "Песнь о Великой Матери", которую и поэт, и современники считали безвозвратно утерянной.