Окончив среднюю школу, сразу, в 1941 г., ушел на фронт, прошел в действующей армии всю войну, был дважды ранен. После демобилизации М.Я.Студеникин поступил во II Московский ордена Ленина медицинский институт им.Н.И.Пирогова (ныне Российский Государственный Медицинский Университет) и окончил его с отличием в 1952 году.
Затем - аспирантура, защита кандидатской диссертации, работа ассистентом, доцентом на кафедре детских болезней лечебного факультета родного института. С 1969 года по настоящее время М.Я.Студеникин возглавляет кафедру детских болезней лечебного факультета Российского государственного медицинского университета.
С 1960 года М.Я.Студеникин руководит Институтом педиатрии РАМН. В 1966 году он защищает докторскую диссертацию, получает звание профессора. Незаурядные способности, тонкое научное чутье и богатый клинический опыт позволили ему на посту директора института провести огромную научно-организационную работу. Были развернуты новые современно оснащенные клиники и лаборатории, расширена работа по подготовке научных кадров, обеспечен подъем научной деятельности по ряду наиболее актуальных и новых проблем педиатрии, таких как неонатология, аллергология, гематология, клиническая вирусология, иммуноцитология, экогенные болезни детского возраста.
Под руководством М.Я.Студеникина Институт педиатрии РАМН достиг больших успехов в развитии науки и внедрении ее достижений в практику детского здравоохранения, за что был награжден Орденом Ленина, а работы ученых Института были отмечены Ленинской и Государственной премиями.
Деятельность М.Я.Студеникина активно способствовала превращению Института педиатрии РАМН в наиболее крупное в стране научное учреждение педиатрического профиля, которое, как головное, осуществляет планирование и координацию основных научных исследований по педиатрии в стране. Советом по грантам Президента Российской Федерации Институт педиатрии РАМН признан ведущей научной школой.
В 1971 году М.Я.Студеникин избирается членом-корреспондентом Российской Академии медицинских наук и в 1975 г. - действительным членом РАМН.
Диапазон научных интересов М.Я.Студеникина весьма широк. Его научные работы посвящены приоритетным проблемам педиатрии - сосудистым дистониям, неонатологии, питанию детей разного возраста, заболеваниям печени и желчных путей, почек, крови, мусковисцидозу, аллергическим болезням, социальным вопросам педиатрии. Он является автором более 250 научных работ, среди которых 10 монографий и 40 глав в коллективных монографиях, руководствах, справочниках и сборниках. Под редакцией М.Я.Студеникина выпущено 20 руководств для врачей и 4 издания "Справочника педиатра", ставшего настольной книгой многих врачей.
Профессор М.Я.Студеникин уделяет большое внимание подготовке научных кадров. Под его руководством выполнено 53 докторских и свыше 60 кандидатских диссертаций. Его ученики в настоящее время занимают руководящие посты в органах здравоохранения, возглавляют научно-исследовательские учреждения, кафедры медицинских институтов, руководят клиниками и лабораториями научно-исследовательских институтов.
Большая работа, проводимая Митрофаном Яковлевичем по научному сотрудничеству с педиатрическими учреждениями целого ряда стран, значительное число публикаций за рубежом, снискали ему заслуженное международное признание. М.Я.Студеникин - действительный член Международной Академии творчества, почетный член научных обществ педиатров 11 европейских стран и Американской Академии педиатрии, почетный доктор университетов в гг.Хельсинки, Будапешта и Ростока.
М.Я.Студеникин успешно сочетает активную научную, педагогическую и организационную деятельность с большой общественной работой. Он - президент Московского Детского фонда, председатель Научного Совета по педиатрии РАМН, длительное время председатель правления Научного общества педиатров России, эксперт Комитета служб охраны материнства и детства Всемирной Организации Здравоохранения, член Постоянного Комитета Международной педиатрической ассоциации, член редколлегии журналов "Педиатрия", "Здоровье", "Acta paediatrica japonica". Более 20 лет является председателем Общества дружбы с народами Кипра. Избирался Народным депутатом СССР, депутатом Фрунзенского райсовета (г.Москва).
М.Я.Студеникин награжден орденом Октябрьской Революции (1988 г.), орденом Отечественной войны I степени (1945 г.), орденом Красной Звезды (1944 г.), орденом Трудового Красного Знамени (1976 г.), орденом Дружбы народов (1993 г.), 14 памятными и юбилейными медалями, 4 почетными знаками. Он - Заслуженный деятель науки РФ. За многолетнюю заботу о нуждах детей Патриархом Московским и всея Руси Алексием II награжден орденом Святого Даниила князя Московского.
Своим увлечением считает историю искусства.
Живет и работает в г. Москве. Адрес: Россия, 117296, г. Москва, ГСП - 1, Ломоносовский пр., д. 2/62, Институт педиатрии РАМН. Телефон: (+7-095) 134-03-61