Скотт Карпентер учился в университете Колорадо с 1945 по 1949 годы, где он получил степень бакалавра по аэронавтике. В 1949 году Карпентер начал службу в морской авиации США, где обучался летному делу. В 1951 году Карпетер стал пилотом морской авиации.
Родители Скотта развелись, когда ему было три года. Его мать болела туберкулезом. Поэтому Скотт рос в семье друзей его родителей.
Скотт Карпентер учился в университете Колорадо с 1945 по 1949 годы, где он получил степень бакалавра по аэронавтике. В 1949 году Карпентер начал службу в морской авиации США, где обучался летному делу. В 1951 году Карпетер стал пилотом морской авиации. Во время войны в Корее, Карпентер сопровождал военные корабли, а также выполнял разведывательные полёты над Желтым морем, Южно-Китайским морем и над проливом Формоза. После войны в Корее, Карпентер обучался в школе летчиков-испытателей морской авиации. С 1954 года он служил летчиком-испытателем.
В 1959 году Скотт Карпентер был отобран в первую семерку американских астронавтов.
В 1962 году Карпентер был дублёром Джона Гленна, который в феврале 1962 года совершил первый американский орбитальный космический полёт.
Первоначально для второго орбитального полёта по программе «Меркурий» был выбран Дональд Слейтон. Однако у него обнаружились проблемы с сердцем и вместо Слейтона в марте 1962 года для полёта на корабле «Аврора 7» был назначен Скотт Карпентер.
Полет Карпентера на корабле «Меркурий-Атлас 7» состоялся 24 мая 1962 года. Собственно космический корабль назывался «Аврора 7», он был выведен на орбиту ракетой-носителем «Атлас». Корабль совершил три витка вокруг Земли и приводнился в Атлантическом океане приблизительно в 1000 миль на юго-восток от мыса Канаверал. Полет продолжался 4 часа 56 минут 5 секунд. Место приводнения находилось на расстоянии 400 км от расчетной точки приводнения. Карпентеру пришлось в течение нескольких часов ожидать прибытия спасателей.
В НАСА были не очень довольны тем, как Карпентер провел полёт, и он был отстранен от подготовки к следующим космическим полётам.
В дальнейшем Карпентер принимал участие в разработке лунного модуля по программе «Аполлон».
В 1965 году Карпентер принимал участие в подводных экспериментах военно-морского флота США. В августе 1965 года Карпентер провел 30 дней в подводной лаборатории на глубине 60 метров. Находясь под водой, Карпентер участвовал в телефонном разговоре с астронавтами Гордоном Купером и Чарльзом Конрадом, которые в это время находились в космосе на корабле «Джемини V».
Вернувшись в НАСА, Карпентер проводил тренировки астронавтов под водой, для подготовки к выходам в открытый космос.
В августе 1967 года Карпентер окончательно покинул НАСА и вернулся в морской флот, где продолжил заниматься экспериментами под водой. В 1969 года Карпентер уволился с воинской службы.
Карпентер основал фирму Sear Sciences, которая занималась проблемами использования морских ресурсов. Карпентер сотрудничал с известным французским исследователем моря Жак-Ивом Кусто. Скотт Карпентер погружался во все океанах, в том числе и подо льдом в Северном ледовитом океане.
Карпентер написал два романа и автобиографию. Он был три раза женат и имеет семь детей.