Он получил образование в Военной академии в Копенгагене (Military Academy of Copenhagen). В юности он безуспешно пытался добиться руки и сердца своей четвероюродной кузины, королевы Виктории (Victoria).
Кристиан IX родился 8 апреля 1818-го, во дворце-замке Готторп (Gottorp Castle), и представлял Глюксбургскую линию Ольденбургской династии. Он был четвертым сыном Фридриха Вильгельма (Friedrich Wilhelm), герцога Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Глюксбургского (Schleswig-Holstein-Sonderburg-Beck), и герцогини Луизы Каролины Гессен-Кассельской (Luise Karoline von Hessen-Kassel). По матери Кристиан был правнуком Фредерика V (Frederick V), праправнуком Георга II (George II) и потомком многих других монахов, однако не был прямым наследником датского престола.
С раннего детства Кристиан рос в Дании. Он получил образование в Военной академии в Копенгагене (Military Academy of Copenhagen). В юности он безуспешно пытался добиться руки и сердца своей четвероюродной кузины, королевы Виктории (Victoria). В Амалиенборгском дворце (Amalienborg Palace) в Копенгагене 26 мая 1842-го он женился на своей амбициозной троюродной кузине, Луизе Гессен-Кассельской (Louise von Hesse-Kassel), племяннице Кристиана VIII (Christian VIII). У супругов, которых впоследствии называли 'тестем' и 'тещей Европы', было шестеро детей.
Поскольку король Дании Фредерик VII (Frederick VII), трижды женатый и имеющий связи с любовницами, оказался бездетным, возникла проблема о назначении его преемника в отношении датского престола. Ситуацию усугубляло принятие Данией салического закона и растущий национализм в немецко-говорящей части земли Шлезвиг-Гольштейн. После того как Кристиан взял в жены Луизу Гессен-Кассельскую, дочь ближайшей родственницы Фредерика VII, мать Луизы, а также ее брат и старшая сестра отказались от своих прав в пользу Луизы и ее мужа.
В 1852-м сложный вопрос о правопреемстве на датский трон был разрешен Лондонским протоколом от 8 мая 1852-го, согласно которому на престол должен был вступить Кристиан.
После смерти Фредерика VII 15 ноября 1863-го Кристиан IX занял его место. Дания сразу же погрузилась в кризис из-за вопроса отделения приэльбских герцогств Шлезвига и Гольштейна. В 1864-м вспыхнула датско-прусская война (или Вторая война за Шлезвиг). Исход войны оказался неблагоприятным для Дании, и это привело к тому, что Шлезвигом стала управлять Пруссия. Гольштейн также был включен в состав Пруссии после дальнейшего конфликта между Австрией и Пруссией.
Поражение 1864-го бросило тень на правление Кристиана IX. Его репутация пошатнулась еще больше, когда он безуспешно пытался предотвратить распространение демократии по всей Дании, поддерживая авторитарного и консервативного премьер-министра Эструпа (Estrup). Эструп, занимавший свой пост с 1875-го по 1894-й, многими рассматривался как 'полудиктатор'. Тем не менее, Кристиан IX подписал в 1874-м договор, позволявший Исландии иметь право внутреннего самоуправления и собственную конституцию. В 1901-м он попросил, хотя и против своей консервативной сущности, Юхана Хенкира Дойнцера (Johan Henrik Deuntzer), премьер-министра Дании, сформировать новое правительство. На выборах Фолькетинга, датского парламента, на смену кабинета министров Сехестеда (Sehested), состоящего из членов Консервативной народной партии (Højre), пришло правительство Дойнцера, т.е. Кристиан IX фактически повлиял на демократизацию состава Фолькетинга. Это стало началом датской традиции парламентаризма и явно улучшило репутацию Кристиана IX за последние годы.
Еще одна реформа произошла в 1866-м, когда была пересмотрена датская конституция и верхняя палата Парламента Дании получила больше власти, чем нижняя. Во время правления Кристиана IX также улучшилось социальное обеспечение. В 1891-м были введены пенсии по возрасту, а через год появились пособия по безработице и семейным обстоятельствам.
Кристиан IX мирно скончался от старости, 29 января 1906-го, во дворце Бернсторф (Bernstorff Palace), недалеко от Копенгагена.
Четверо детей Кристиана IX взошли на престол (как монархи или королевы-супруги) Дании, Великобритании, России и Греции. Кристиан был дедом Николая II (Nicholas II), Константина I Греческого (Constantine I), Георга V (George V), Кристиана X (Christian X) и Хокона VII Норвежского (Haakon VII). Сегодня большинство монархов Европы – потомки Кристиана IX.