Немецкий физиолог и зоолог; систематик живой природы, давший названия ряду ботанических таксонов и описавший ряд зоологических таксонов.
Он родился 16 февраля 1804 года в Вюрцбурге, Бавария (Würzburg, Bavaria). Фон Зибольд был сыном профессора акушерства и двоюродным братом (некоторые источники утверждают, что младшим братом) натуралиста и врача Филиппа Франца фон Зибольда (Philipp Franz von Siebold). Карл Теодор Эрнст фон Зибольд изучал медицину и другие науки, в основном, в Берлинском Университете (University of Berlin), под руководством знаменитого зоолога и ботаника Карла Асмунда Рудольфи (Karl Asmund Rudolphi). Кроме того, он также учился в Геттингене (Göttingen) под началом Иоганна Фридриха Блюменбаха (Johann Friedrich Blumenbach), представив для защиты диссертацию о метаморфозах саламандры. В 1831 году он стал практикующим врачом в Гейльсберге, Восточная Пруссия (Heilsberg, East Prussia) – сегодня это польский город Лидзбарк-Варминьский (Lidzbark Warmiński), - а в 1834 году перебрался в Кенигсберг (Königsberg), а затем, чуть позже в том же году, занял должность директора в акушерском училище в Данциге (Danzig).
В 1840 году фон Зибольд стал профессором зоологии, сравнительной анатомии и ветеринарии в Эрлангене (Erlangen); в 1845 году - профессором зоологии и физиологии в Фрайбурге (Freiburg); в 1850 году - профессором физиологии в Бреслау (Breslau); и, наконец, профессором зоологии и сравнительной анатомии в Мюнхенском университете Людвига-Максимилиана (Ludwig Maximilian University of Munich) в 1853-м. В Мюнхене он позже получил дополнительные обязанности как профессор зоологии и директор зоологического кабинета. В 1856 году фон Зибольд был избран членом Шведской королевской академии наук (Royal Swedish Academy of Sciences).
Он умер в Мюнхене 7 апреля 1885 года. Карл Теодор Эрнст фон Зибольд считается одним из самых трудолюбивых и критических немецких исследователей-зоологов, и его биограф справедливо называет его 'Нестором немецкой зоологии'.
Его самым известным и наиболее значительным трудом стал 'Lehrbuch der Vergleichenden Anatomie' ('Руководство по сравнительной анатомии'), созданный в 1845-1848 годах, который фон Зибольд редактировал вместе с Германом Фридрихом Станниусом (Hermann Friedrich Stannius). Фон Зибольд в значительной степени отвечал за первый том издания, в котором речь шла о беспозвоночных. После Кювье (Cuvier) фон Зибольд был инициатором первых важных реформ в систематической зоологии, установив одноклеточную природу протозоа, которые он впервые объединил в тип. Он также ввел классы систематики для членистоногих и корненожек.
В 1848 году, совместно с Альбертом фон Келликером (Albert von Kölliker) фон Зибольд основал ведущий биологический журнал 'Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie', редактором которого оставался до самой смерти. Это было задолго до появления ведущих морфологических и анатомических журналов Европы (Europe).
Его научные достижения также включают в себя сотрудничество с врачом и паразитологом Теодором Бильхарцем (Theodor Bilharz); результатом которого стало первое описание шистосомы Schistosoma haematobium в 1851 году, исследование жизненного цикла ленточного червя Echinococcus granulosus в 1853-м и открытие партеногенеза у насекомых в 1856-м. Кроме того, он публиковал работы по медузам, другим ленточным червям и трематодам, а также веерокрылым.
Его коллекция образцов червей была куплена для коллекции гельминтов Музеем естественной истории (Natural History Museum) в Лондоне (London) в 1851 году. Его коллекция рыб, которую фон Зибольд собирал с 1804 по 1855 год, специализирующаяся на пресноводных рыбах Баварии, в 1863 году попала на хранение в Баварскую государственную зоологическую коллекцию (Bavarian State Collection of Zoology), и хотя большинство экземпляров были утеряны во время Второй мировой войны, часть их все еще сохраняется в Мюнхене.