Немецкий неоязычник, серьёзно повлиявший на мистические настроения Третьего рейха.
Родился в Вене в семье военного австрийской армии. В 1884 поступил на военную службу. В 1889 был принят в масонскую ложу. Среди его знакомых — члены Ордена Новых Тамплиеров. С начала XX века Вилигут стал писать стихи, сюжеты которых брал из локальной мифологии и фольклора.
В Первую мировую войну принимал участие в боевых действиях на русском и итальянском фронтах. С военной службы уволился в 1919 в звании полковника. После войны Вилигут начал реконструкцию истории и мифологии древних германцев. В это же время его стали преследовать финансовые и семейные проблемы, вследствие которых он попал в сумасшедший дом, уверенный, что является жертвой масонского заговора. В 1924—1927 Вилигут находился в психиатрической клинике в Зальцбурге с диагнозом шизофрения.
В 1932 Вилигут эмигрировал в Германию, где познакомился с рейхсфюрером СС Гиммлером, при протекции которого занял пост главы Отдела по изучению ранней истории (под псевдонимом Карл Мария Вейстхор), созданного специально для него в рамках СС. В апреле 1934 получил звание штандартенфюрера СС, в ноябре 1934 — оберфюрера, а в 1935 — бригаденфюрера, с назначением в Берлин.
В 1936 Вилигут вместе с Гюнтером Кирхоффом в рамках института Аненербе начал раскопки на холме Мург в Чёрном лесу близ Баден-Бадена, где, по его словам находились руины древнего поселения ирминистов. В СС Вилигут выполнял роль ирминистского священника, участвуя в брачных ритуалах в эсэсовском замке Вевельсбург. Он также разработал дизайн кольца Мёртвой головы, которым Гиммлер собственноручно награждал отличившихся офицеров. В то же время Вейстхору был поручен анализ трудов Юлиуса Эволы.
В 1938 личный адъютант Гиммлера Карл Вольф разыскал жену Вилигута Мальвину и получил от неё документы и медицинские освидетельствования, весьма смутившие Гиммлера. В 1939 Вольф сообщил Вилигуту, что тот уволен по причине слабого здоровья и возраста.
В 1940 поселился в Австрии, где провел остаток войны. После войны решил вернуться в Германию, но по дороге скончался.
Многие исследователи отмечают сходство основных идей Вилигута с идеями арманизма.
Вилигут утверждал, что является потомком древней династии германских святых Вилиготис, которые произошли от союза между воздушными (Асами) и водными богами (Ванами). Это родство якобы позволяет ему хранить в своей памяти события тысячелетней истории, когда на небе сияло три солнца, а землю населяли гиганты, гномы и другие фантастические существа. В родовую тайну Вилигута, по его словам, посвятил отец, который вместе с другими, давно умершими, родственниками постоянно дает Карлу наставления и советы в рунической форме.
Вилигут ввёл новый термин Ирминизм, которым обозначал истинную германскую религию, в противоположность Одинизму, ложной религии. Он утверждал, что Библия изначально написана древними германцами и посвящена древнегерманскому богу по имени «Крист», распятому вотанистами в 9600 до н. э. В последующем текст Библии был сфальсифицирован христианами (которые заимствовали имя «Крист»), масонами и иудеями.