С 1851 года начинается ряд путешествий Бэра по России, предпринятых с практическими целями и вовлекших Бэра, кроме географических и этнографических исследований, в область прикладной зоологии. Он провел экспедиции на Чудское озеро и берега Балтийского моря, на Волгу и Каспийское море.
Карл Эрнст Бэр (Karl Ernst von Baer, или, как его называли в России, Карл Максимович Бэр, родился 17 февраля 1792 года в местечке Пип, в Гервенском округе Эст-ляндской губернии. Отец Бэра, Магнус фон Бэр, принадлежал к эстляндскому дворянству и был женат на своей двоюродной сестре Юлии фон Бэр. С Карлом занимались домашние учителя. Он обучался математике, географии, латинскому и французскому языкам и прочим предметам. Одиннадцатилетний Карл уже ознакомился с алгеброй, геометрией и тригонометрией.
В августе 1807 года мальчика отвезли в дворянскую школу при городском соборе в Ревеле. В первой половине 1810 года Карл окончил курс школы. Он поступает в Дерптский университет. В Дерпте Бэр решил избрать медицинскую карьеру.
В 1814 году Бэр выдержал экзамен на степень доктора медицины. Им была представлена и защищена диссертация «Об эндемических болезнях в Эстляндии». Бэр отправился за границу, избрав для продолжения своего медицинского образования Вену. Профессор Бурдах предложитл Бэру поступить к нему прозектором на кафедру физиологии в Кенигсбергском университете. В качестве прозектора Бэр открыл курс сравнительной анатомии беспозвоночных животных, носивший прикладной характер, так как он состоял преимущественно из показа и объяснения анатомических препаратов и рисунков.
В 1826 году Бэр был назначен ординарным профессором анатомии и директором анатомического института с освобождением от лежавших до сих пор на нем обязанностей прозектора.
В 1828 году появился в печати первый том знаменитой «Истории развития животных». Бэр, изучая эмбриологию цыпленка, наблюдал ту раннюю стадию развития, когда на зародышевой пластинке образуются два параллельных валика, впоследствии смыкающиеся и образующие мозговую трубку. Бэр считал, что в процессе развития каждое новое образование возникает из более простой предсуществующей основы. Таким образом, в зародыше появляются сначала общие основы, и из них обособляются все более и более специальные части. Этот процесс постепенного движения от общего к специальному известен под именем дифференциации. В 1826 году Бэр открыл яйца млекопитающих. Это открытие было им обнародовано в форме послания на имя Санкт-Петербургской академии наук, которая избрала его своим членом-корреспондентом. Другая очень важная находка, сделанная Бэром, — это открытие спинной струны, основы внутреннего скелета позвоночных.
В конце 1834 года Бэр жил уже в Петербурге. Из столицы ученый летом 1837 года совершил путешествие на Новую Землю, где до него не бывал ни один натуралист.
В 1839 году Бэр совершил поездку для исследования островов Финского залива, а в 1840 году посетил Коль-ский полуостров. Бэр с 1840 года начал издавать, вместе с Гельмерсеном, особый журнал при академии, под названием «Материалы к познанию Российской империи».
С 1841 года ученый был назначен ординарным профессором сравнительной анатомии и физиологии в Медико-хирургической академии.
В 1851 году Бэр представил Академии наук большую статью «О человеке», предназначенную для «Русской фауны» Семашко и переведенную на русский язык.
С 1851 года начинается ряд путешествий Бэра по России, предпринятых с практическими целями и вовлекших Бэра, кроме географических и этнографических исследований, в область прикладной зоологии. Он провел экспедиции на Чудское озеро и берега Балтийского моря, на Волгу и Каспийское море. Его «Каспийские исследования» в восьми частях весьма богаты научными результатами. В этом сочинении Бэра более всего интересна восьмая часть — «О всеобщем законе образования речных русел». Весною 1857 года ученый возвратился в Петербург. Теперь Бэр отдался преимущественно антропологии. Он привел в порядок и обогатил коллекцию человеческих черепов в анатомическом музее Академии, постепенно превращая его в антропологический музей.
В 1862 году он вышел в отставку, при этом был избран почетным членом Академии.
18 августа 1864 года в Санкт-Петербургской академии наук состоялось торжественное празднование его юбилея. После юбилея Бэр посчитал свою петербургскую карьеру окончательно завершенной и принял решение перебраться в Дерпт. В начале лета 1867 года он переселился в родной университетский город.
16 ноября (28 ноября) 1876 года Бэр скончался тихо, как будто уснул.
Основные труды ученого — Послание о развитии яйца млекопитающих и человека (Epistola de ovi mammalium et hominis genesi, 1827), История развития животных (Über die Entwickelungsgeschichte der Thiere, 1828; 1837), Исследование развития рыб (Untersuchungen Entwickelung der Fische, 1835).