Иван Степанович Исаков родился 22 августа 1894 г. в с. Аджикенд Азербайджанской ССР. 20-летним юношей начал военно-морскую службу. В годы первой мировой войны служил мичманом на эсминце "Изяслав".
Летом 1917 г. молодой офицер Исаков участвовал в революционных демонстрациях в Петрограде, и это оказало глубокое влияние на его дальнейшее отношение к социалистической революции: он решительно пошел с матросской массой и навсегда остался в строю защитников Великого Октября. С первых дней революции он находился в рядах Красного Флота, принимал участие в героическом ледовом походе кораблей Балтийского флота из Гельсингфорса в Кронштадт. В годы гражданской войны активно участвовал в боевых действиях на Балтийском море, на Волге и Каспии.
Много сил и энергии отдал И. С. Исаков делу строительства советского Военно-Морского Флота. Он занимал ряд руководящих командных и штабных должностей на флотах, а также в центральном аппарате ВМФ, командовал Краснознаменным Балтийским флотом. В 1938 г. был назначен заместителем Народного комиссара Военно-морского Флота. В 1939 г. он вступил в ряды Коммунистической партии.
Проблемы, связанные с созданием новых судостроительных заводов, выбор мест и организация базирования кораблей новых Тихоокеанского и Северного флотов, выработка планов но перебазированию корабельного состава - все эти важнейшие вопросы решались при непосредственном участии И. С. Исакова .
В период военного конфликта с Финляндией адмирал И. С. Исаков координировал действия Краснознаменного Балтийского флота с сухопутными войсками.
Незаурядные способности адмирала Исакова как флотоводца и крупного военачальника особенно раскрылись в годы Великой Отечественной войны, которую он встретил на посту первого заместителя Народного комиссара Военно-Морского Флота. Он был членом Главного совета ВМФ, созданного в 1938 г. И в том, что советский флот еще до нападения гитлеровской Германии на нашу страну сумел перейти на повышенную боевую готовность, а затем быстро и организованно произвести развертывание сил и успешно выполнить первые оборонительные мероприятия, предусмотренные планами, есть и немалая личная заслуга Исакова .
В июле 1941 г., когда создалось тяжелое положение для наших войск и флота в Прибалтике, И. С. Исакова назначили заместителем главнокомандующего Северо-Западного направления по морской части.
В блокированном Ленинграде проявился выдающийся организаторский талант, огромная воля Исакова. Заботясь о быстрейшем строительстве причалов на Ладожском озере, Иван Степанович по пять - семь раз в день обходил территорию будущего порта, подбадривал и воодушевлял уставших рабочих, солдат и матросов. Он был одним из активных организаторов перевозок через Ладожское озеро.
С образованием Северо-Кавказского направления в апреле 1942 г. И. С. Исакова назначили заместителем главнокомандующего и членом Военного совета этого направления. Организаторский талант Ивана Степановича сыграл большую роль в объединении усилий войск, действовавших в Севастополе, на Керченском полуострове и на Кавказском побережье. Он много внимания уделял боевым действиям Азовской флотилии, Керченской военно-морской базы и других частей Черноморского флота.
4 октября 1942 г. при очередной поездке на передовые линии недалеко от Туапсе, в районе Гойтхского перевала, И. С. Исаков был тяжело ранен. Ему ампутировали ногу. Три месяца продолжалась борьба за его жизнь. Зимой Исаков , не покидая палаты, начал работать, а в мае 1943 г. вернулся в Москву. Став инвалидом, Иван Степанович не потерял самообладания и мужества. Осенью он писал генералу И. В. Тюленеву: "Сегодня исполнился год со дня моего ранения, когда я выпал из тележки. Попятно, я предпочел бы быть на двух ногах и работать с тобой или на другом фронте, но даже то, что я сейчас могу работать в Москве и как-то приносить пользу общему делу разгрома врага - и то хорошо... Быть на положении почетного зама плохо, а в военное время особенно. Но, к моему удовлетворению, неожиданно получил назначение в правительственную комиссию (по совместительству), работа исключительно интересная и ответственная... Сейчас под моим водительством печатают (впервые) и будут выходить сборники по опыту войны (морские)".
В послевоенный период И. С. Исаков работал начальником Главного штаба ВМС и заместителем главнокомандующего Военно-Морского Флота, занимал ряд других ответственных должностей в центральном аппарате Министерства обороны.
Одной из важных сторон деятельности Исакова являлась научная работа. В морских журналах и отдельными изданиями печатались его труды-исследования опыта второй мировой войны.
Многие его научные работы (а всего он написал их свыше шестидесяти) были использованы для создания уставов и наставлений, действующих и в настоящее время в Военно-Морском Флоте. Под руководством Исакова были подготовлены и изданы два тома "Морского атласа".
Адмирал Исаков принимал активное участие в общественно-политической работе, избирался депутатом Верховного Совета СССР, являлся заместителем председателя межведомственной океанографической комиссии Академии наук СССР, членом Комитета по Ленинским и Государственным премиям в области науки и техники при Совете Министров СССР.
Он был удостоен звания Героя Советского Союза, награжден шестью орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, двумя орденами Ушакова I степени, орденами Отечественной войны I степени и Красной Звезды, многими медалями, а также орденами ряда иностранных государств.
И. С. Исаков скончался в 1967 г. Он похоронен на Новодевичьем кладбище.
Советский флот, которому он посвятил всю свою жизнь, хранит его имя. Один из кораблей носит название "Адмирал Исаков ".
На Смоленской набережной Москвы, на доме N 5/13, где жил И. С. Исаков, установлена мемориальная доска.