Иссер Харель родился в Витебске (Российская империя, сейчас Белоруссия) в богатой семье. Его отец, Натан Гальперин, был выпускником Воложинской ешивы. Его мать, урожденная Иохевед Левина, была младшей дочерью владельца заводов по производству уксуса в Двинске (Даугавпилс) и Витебске. Тесть назначил Натана Гальперина управляющим заводом в Витебске.
Точная дата рождения Иссера Гальперина неизвестна, документы утеряны во время революции и Первой мировой войны в России.
После революции его семья потеряла всё своё имущество, которое было конфисковано коммунистическими властями. В 1922 году они эмигрировали и Советского Союза в Даугавпилс (Латвия). В Даугавпилсе Харель учился в начальной и средней школе.
Там же он присоединился к молодёжной сионистской организации «Ха-Шомер Ха-Цаир». Поскольку он собирался переехать в Палестину и жить в киббуце, то даже не сдав выпускные экзамены он уехал работать на сельскохозяйственную ферму под Ригой.
В 1929 году после кровавого антиеврейского погрома в Хевроне Харель и его молодые друзья приняли решение переехать в Палестину для укрепления еврейских поселений. 17-летний Иссер приехал в Палестину в 1930 году с пистолетом, который он прятал в буханке хлеба и пронёс через британскую таможню.
В Палестине Харель почти сразу после приезда вступил в Хагану и до 1935 года жил в киббуце Шефаним, а с 1935 года — в Герцлии. В киббуце он познакомился польской еврейкой по имени Ребекка и женился на ней.
В Герцлии Иссер с женой и её сёстрами занимались уборкой фруктов, а затем открыли собственной дело по выращиванию цитрусовых. Однако в начале Второй мировой войны Хагана направила Хареля в спецшколу агентов в связи с опасениями, что немцы оккупируют Палестину. После окончания этой школы Харель всю жизнь работал в израильских спецслужбах.
По утверждению самого Хареля, Хагана перевела его на нелегальное положение после того, как он избил британского старшего офицера за антисемитскую реплику.
Был одним из соратников и доверенных лиц Давида Бен-Гуриона. Возглавлял разведку Моссад и контрразведку Шин-Бет Израиля. После отставки был советником премьер-министра, членом Кнессета, написал 12 книг.
Умер 18 февраля 2003 года в возрасте 91 года в медицинском центре «Бейлинсон» в Петах-Тикве.
Дочь Хареля работает в Общей службе безопасности Израиля.
Работа в разведке для Хареля началась в 1940 году. Тогда внутри Хаганы была сформирована первая служба безопасности Шерут едиот (сокращённо Шай), в рамках которой Харелю была поручена работа в так называемом «Еврейском дивизионе» Шай. В его компетенции была информация о правой оппозиции Хагане, в частности Иргун и Лехи. Через 2 года Харель возглавил Еврейский дивизон.
В 1944 году он был переведён в Тель-Авив в отдел внутренней безопасности Хаганы. В 1946 году назначен начальником отдела внутренней безопасности, а в 1947 году — руководителем Шай в районе Тель-Авива.
В это же время он получил прозвище «Иссер-маленький» — формально за рост 155 сантиметров, а еще чтобы отличать от «Иссера-большого» — Беери, который возглавлял к этому времени всю службу Шай.
Служба общей контрразведки (впоследствии Общая служба безопасности) Шин-Бет была создана через несколько недель после провозглашения Израиля — 30 июня 1948 года. Новую спецслужбу возглавил Иссер Харель. В начале 50-х годов осуществлялась активная слежка за правыми экстремистами из Иргуна и Лехи, а затем за левыми активистами из партии МАПАЙ, которых Харель подозревал в шпионаже в пользу СССР.
В 1952 году Харель стал руководителем политической разведки — Моссад и оставался на этом посту до 1963 года. В эти же годы Харель одновременно возглавлял объединенный комитет руководителей всех израильских секретных служб и был советником премьер-министра по вопросам обороны и безопасности.[2]
Почти сразу же после вступления в должность Харель добился десятикратного увеличения бюджета Моссад и реорганизовал работу службы. При нём в Моссад была создана спецшкола для подготовки агентов и установлены жёсткие стандарты для отбора кандидатов. Он говорил:
Мне нужны люди, испытывающие отвращение к убийству, но которых, тем не менее, можно научить убивать...
Харель был жёстким и авторитарным руководителем, все сотрудники Моссад подчинялись и были преданы лично ему.
Он был единственным человеком в истории Израиля, который совмещал руководство разведкой и контрразведкой. Для этого уникального положения Давид Бен-Гурион придумал в 1957 году специальную должность на иврите HaMemuneh («ответственный»). Эта должность не была официальной, однако авторитет Харела в спецслужбах Израиля был непререкаем. Фактически он был человеком номер два в государстве, поскольку подчинялся лично главе правительства и руководил всеми спецслужбами страны.
Харель лично возглавлял операцию по поимке нацистского военного преступника Адольфа Эйхмана 11 мая 1960 года в Аргентине. Об этих событиях он написал две книги: «Дом на улице Гарибальди» и «Похищение палача».
Многие традиции в Моссад пошли именно от Хареля, например экономия, недоверие к технике и повышенная секретность.
В апреле 1963 года между Харелем и Бен-Гурионом возникли острые разногласия. Они были связаны с операциями Моссад в Египте.
Незадолго до этого Бен-Гурион заключил тайное соглашение с Конрадом Аденауэром о том, что Германия выплатит Израилю крупные суммы денег в качестве компенсации за преступления нацистов, а также поставит большую партию оружия, в котором Израиль очень нуждался.
В это же время Харель развернул в Египте крупную операцию против немецких учёных, помогавших Египту в разработке ракетной программы, которую Харель считал чрезвычайно опасной для Израиля. Немецкие специалисты получали от агентов Моссад угрожающие письма, а затем и посылки начинённые взрывчаткой. Таким способом Харель рассчитывал заставить их уехать из Египта.
В конце марта 1963 года Бен-Гурион попросил Хареля свернуть операцию в Египте чтобы не ставить под угрозу отношения с ФРГ. Однако Харель приказал активизировать теракты против немецких учёных. Это вызвало конфликт между ним и Бен-Гурионом и Харель подал в отставку.
После отставки с поста руководителя Моссад Харель с сентября 1965 года по июнь 1966 года был советником по вопросам разведки и борьбы с террором премьер-министра Леви Эшколя.
Впоследствии избирался депутатом Кнессета 7-го созыва с 17 ноября 1969 года по 21 января 1974 года.