Первый заместитель начальника следственного управления Генпрокуратуры России. Была назначена государственным обвинителем по делу об убийстве журналиста газеты "Московский комсомолец" Дмитрия Холодова. Позже выступала перед журналистами, объясняя действия прокуратуры по делу "ЮКОСа".
При генпрокуроре Скуратове Ирина Алешина курировала ход следствия по делу одного из работавших на Северном Кавказе прокуроров. Этот чиновник обвинялся в получении взяток от коммерческих структур. СМИ утверждают, что Алешина повела себя в деле слишком принципиально, за что и получила выговор, а затем была уволена из отдела надзора.
Тогда Алешина сдала квалификационный экзамен на судью Мосгорсуда и написала кандидатскую диссертацию, основанную на опыте прокурорской работы.
В ноябре 2000 года Алешина стала гособвинителем по делу об убийстве журналиста газеты "Московский комсомолец" Дмитрия Холодова. В ходе первого же дня слушаний пять подсудимых и их адвокаты заявили отвод государственному обвинителю. Они утверждали, что в ходе предварительного следствия Алешина, которая осуществляла надзор за законностью расследования дела, не предпринимала мер для устранения допущенных нарушений закона в отношении обвиняемых. Однако суд отверг это ходатайство.
Алешина добилась в Верховном суде отмены оправдательного приговора обвиняемым и повторного рассмотрения дела в суде. Она потребовала для подсудимых сурового наказания — от 9 до 15 лет лишения свободы. По данным СМИ, в ходе этого процесса Алешину пытались подкупить и запугать, так что к ней была приставлена охрана - сотрудник ФСБ.
Летом 2003 года Алешиной поручили разъяснять прессе существующие со стороны Генпрокуратуры претензии к НК "ЮКОС". Перед этим ее неожиданно повысили: прокурор стала первым заместителем начальника Следственного управления Генпрокуратуры России. В "деле "ЮКОСа"" Алешина, в частности, доказывала журналистам, что глава МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев был заключен в СИЗО на законных основаниях.
Алешина неоднократно публично выступала с жесткими заявлениями по делам "ЮКОСа" и Холодова. 15 декабря 2005 года Московский окружной военный суд (МОВС) обязал ее принести официальные извинения бывшему обвиняемому по делу Холодова Павлу Поповских.
В декабре 2005 года Генпрокуратура опротестовала это решение, 21 марта 2006 года военная коллегия Верховного суда удовлетворила апелляцию, решив, что вердикт в пользу полковника был вынесен с процессуальными нарушениями.