Французский гуманист-филолог, историк и воин, итальянец по происхождению, один из основателей современной научной исторической хронологии, издатель и комментатор античных текстов. Сын Юлия Цезаря Скалигера, внук картографа Бенедетто Бордоне.
Иосиф Скалигер родился 5 августа 1540 года в аквитанском городе Ажене. Он был третьим сыном учёного-гуманиста Юлия Цезаря Скалигера. С 12 лет Иосиф учился в коллеже Гиени в Бордо. После смерти отца в 1558 году отправился в Париж. Четыре года учился в Сорбонне. В результате молодой Скалигер в совершенстве овладел не только латинским и древнегреческим, но также еврейским и арабским языками. Энциклопедическое владение доступными в то время источниками создали Скалигеру славу крупнейшего филолога. Его комментарии (1573) к трактату М. Т. Варрона «De lingua Latina» и лексикографическому труду римского грамматика С. П. Феста (1575) открыли учёному миру архаическую латынь.
В 1560-х годах Иосиф Скалигер совершил путешествие по Италии, затем — по Англии и Шотландии. Во время поездки, в 1562 году, он становится кальвинистом. Иосиф Скалигер принимал участие в религиозной войне своего времени: как учёный-филолог, он разоблачал подложность ряда папских документов, как солдат — сражался в рядах гугенотов.
После Варфоломеевской ночи Иосиф Скалигер бежит в Швейцарию и становится профессором в Женевской академии.
В 1593 году Иосиф Скалигер отправляется в Нидерланды. Остаток жизни он проводит в университете Лейдена, и своей деятельностью способствует расцвету филологии в Нидерландах.
Скалигер скончался 21 января 1609 года в Лейдене, Голландия. В честь него назван один из институтов Лейденского университета. Энциклопедический словарь Граната каждому тому предпосылает слова Скалигера:
«Lexicographis secundus post Herculem labor.»
Одна из заслуг Иосифа Скалигера — создание научной хронологии. Его познания в языках и истории многих народов, в математике, астрономии, астрологии и теологии проявились в его «Исправлении хронологии» («De emendatione temporum», 1583), дополнения и поправки к которому Иосиф Скалигер опубликовал в «Сокровищнице времён» («Thesaurus temporum», Лейден, 1606; Амстердам, 1629). Здесь он определил системы исчисления времени, применявшиеся у разных народов (от Древнего Рима и Древней Греции до Восточной Азии и мексиканцев), и привёл их в соответствие друг с другом. Он же впервые применил (точнее восстановил, ибо они были известны уже в античности, в частности Птолемею) метод астрономической датировки событий по затмениям; в частности, он высчитал точную астрономическую дату затмения 431 года до н. э., описанного Фукидидом.
Там же он предложил систему летоисчисления, независимую от последующих реформ календарей — Юлианские даты. Так момент 0,0 JD соответствует полдню 1 января 4713 до н. э., начало нашей эры — соответствует 1721424,0 JD, а 30.09.2001 г. — 2452183,0 JD.
До Скалигера господствовали лишь средневековые способы летосчисления по церковному календарю, крайне недостаточные для исторической науки, а почти вся хронология имела узкослужебное назначение — определять дни церковных праздников. Историки пользовались теми хронологическими системами, которые находили в источниках: например для описания событий античности — по олимпиадам, по консулам, от основания Рима. Глобальная мировая хронология в те времена ещё не существовала. В основу своей версии хронологии Иосиф Скалигер положил восстановленные им самим хронологические сочинения Евсевия, его предшественника Юлия Африканского и его продолжателей Иеронима и Идация. За текстами древних хронографов, восстановление коих именуют чудом дивинаторной критики, следуют у Скалигера «Примечания к хронике Евсевия»: здесь даются средства для выяснения взаимоотношений древних народов, и освещается библейская история и хронология. За «Примечаниями» следует систематическое изложение начал хронологии, с таблицами вычислений, ссылками на древние документы и т. п. Силой своего недюжинного воображения и точных знаний Иосиф Скалигер построил в «Сокровищнице времён» мировую историю, расчленил её материал по народам, синхронистически сопоставил события по периодам от начала ассирийского царства до середины XV века нашей эры. В лице Иосифа Скалигера европейская историческая наука вышла из подчинённого отношения к науке античности. Гуманитарная учёность Иосифа Скалигера превосходила собой знания и методы его предшественников. В сочинении «О монетном деле» («De re nummaria», Лейден, 1606) Скалигер первым из историков оценил важность изучения древних монет. Немецкий реформатор Гутер по инициативе Скалигера издал свод античных надписей (1602), к которому Скалигер составил целую сеть указателей, которые являлись образцом для будущих работ этого типа. Огромный авторитет Иосифа Скалигера вызвал злобу его религиозных (католических) противников, особенно иезуитов, которые специально готовили учёных, способных оспаривать мнения Скалигера. Эти критики вносили частные поправки в его положения (например, иезуиты Дионисий Петавиус, Джованни Баттиста Риччиоли, ирландский епископ Джеймс Ашшер внесли несколько дополнений и исправлений в его хронологическую систему), но даже отдалённо они не могли достигнуть его широты познаний, охватывавших древний мир в его целостности, как она представлялась до самого новейшего времени.
Вместе с тем, математические познания Иосифа Скалигера были не столь значительными. Известно, что он считал себя автором истинной квадратуры круга, которую опубликовал в 1594 году в книге «Cyclometrica elementa duo». Несмотря на то, что его метод оспаривался современными ему геометрами (Виетом, Клавием, А. ван Рооменом и Л. ван Кёленом), Иосиф Скалигер настаивал на своей правоте: согласно его ошибочным рассуждениям, π равнялось бы корню из 10 (примерно 3,16…), что являлось менее точным значением, чем даже у Архимеда (22/7 = 3,142…).
Важный вклад внёс Скалигер в лингвистику. В написанном им в 1599 году труде «Рассуждение о языках европейцев» (опубликован в 1610, посмертно), Скалигер фактически впервые сформулировал понятие «языковой группы», или, в его терминологии, «матрицы» (matrix), разделив все известные ему европейские языки на 11 групп, произошедших от 11 праязыков-матриц (linguae matrix). Эти матрицы суть: греческая, латинская (в современной терминологии — романские языки), тевтонская (германские языки), славянская, эпирская (албанский язык), татарская (тюркские языки), венгерская, финская (к ней Скалигер отнёс финский и саамский языки), ирландская (кельтский язык Ирландии), британская (кельтские языки Британских островов и французской Бретани), кантабрская (баскский). Однако факта родства между самими «языками-матрицами» Скалигер не заметил (этот шаг сделал 100 лет спустя Лейбниц); по мнению Скалигера, все 11 праязыков произошли от иврита после Вавилонского столпотворения.