Лафатер занимал должность сначала приходского диакона, а потом пастора в своём родном городе. В 1796 г. за протест против оккупации Швейцарии французами он был выслан из Цюриха, но через несколько месяцев вернулся.
В Цюрихе изучал богословие, путешествовал по Германии.
По возвращении издал сборник стихотворений «Schweizerlieder» (1764), за которым последовал сборник богословского содержания «Aussichten in die Ewigkeit». С 1768 г. до самой смерти Л. занимал должность сначала приходского диакона, а потом пастора в своём родном городе. В 1796 г. за протест против оккупации Швейцарии французами он был выслан из Цюриха, но через несколько месяцев вернулся. С 1769 г. он стал собирать материалы для «Физиономики», которая вышла в 1772—78 гг., в Лейпциге и Винтертуре, с массой рисунков лучших по тому времени граверов («Physiognomische Fragmente zur Beförderung der Menschenkenntniss und Menschenliebe»). В 1775—78 гг. вышло франц. издание, в Гааге, ещё более удачное в отношении рисунков. Физиогномика стала главной целью жизни Л., хотя он продолжал заниматься богословскими трудами и проповедями; популярность его, как убежденного и просвещенного пастора, была так велика, что путешествии Л. по Европе были рядом триумфов. Обаяние личности Л. не могло быть поколеблено остроумными нападками Лихтенберга («Fragment von Schwärzen»), Музеуса («Physiognomische Reisen») и др. на «Физиономику».
Л. написал ещё несколько библейских эпопей и сборников религиозной лирики («Jesus Messias», «Joseph von Arimathia», «Psalmen Davids», «200 christliche Lieder») и два раза издавал свои сочинения, в 1774—81 гг. («Vermischte Schriften») и в 1784—85 гг. («Sämmtliche kleinere prosaische Schriften»).
На философские взгляды Лафатера повлияли, по мнению некоторых исследователей, одновременно пиетизм и либерализм. В своих проповедях он отождествляет «веру» и «любовь». Установление компромисса между взглядами церкви и взглядами общества было постоянной целью Лафатера; он даже старался примирить животный магнетизм Месмера со спиритуализмом религии и позитивизмом науки.
Лафатер трагически погиб, пытаясь увещевать пьяных французских мародёров; один из них выстрелил в Лафатера, который от этой раны и умер. Перед смертью он простил убийцу, запретил его разыскивать и даже посвятил ему стихотв.: «An den Grenadier N., der mich schoss». Об уважении, окружавшем Л. в глазах современников, ярко свидетельствует, между прочим, тон, каким Карамзин, в «Письмах русского путешественника» 1789), повествует о встрече с Л. — Изложение деловой стороны предмета поминутно прерывается у Л. разными лирическими отступлениями: он то поучает читателей, то бранит врагов физиономики, то цитирует физиономические наблюдении Иисуса сына Сирахова, Цицерона, Монтеня, Бэкона, Лейбница и т. д., то внезапно предается отчаянию при мысли о непознаваемости существа вещей, причём иллюстрирует свою мысль изображением кающегося царя Давида, ослепленного небесным светом.