Как их прямой наследник, он использовал титул графа Невера с 1384 по 1405 года. После своего вступления на престол, он уступил этот титул своему брату Филипу.
Родившись в Дижоне, Иоанн был сыном герцога Бургундии Филиппа II Смелого и Маргариты III Фландрской.
В 1385 году Иоанн женился на Маргарите Баварской, дочери Альбрехта Баварского, графа Голландии и Хайнаута, для усиления своих позиций в Голландии, после отмены своей женитьбы с Екатериной Французской, дочерью короля Карла V .
Как их прямой наследник, он использовал титул графа Невера с 1384 по 1405 года. После своего вступления на престол, он уступил этот титул своему брату Филипу.
Перед вступлением на трон Герцогству Бургундии, Иоанн во главе французских крестоносцев выступил на помощь венгерскому королю Сигизмунду против турок. 25 сентября 1396 года в сражении под Никополем он сражался с таким энтузиазмом и храбростью, что ему дали прозвище Бесстрашный (Sans-Peur). Несмотря на личную храбрость, взят турками в плен и должен был внести выкуп в 200000 дукатов, в итоге выплаченый отцом Иоанна.
Герцогом Бургундским Иоанн стал после смерти своего отца, в 1404 году. От последнего он унаследовал и вражду к Орлеанскому дому, у которых оспаривал влияние при дворе душевнобольного французского короля Карл VI. В 1407, по приказанию Иоанна, был убит в Париже его главный соперник, брат короля, герцог Людовик I Орлеанский, которого Иоанн ненавидел, подозревая его в любовной связи со своей женой. После этого к Иоанну перешло управление Францией и надзор за воспитанием дофина.
Иоанн женил своего наследника Филипп III Добрый на Мишель Французской, дочери Карла VI. Также герцог не забывал о важности среднего класса торговцев и университете Парижа.
Людовик пытался наладить отношения с Изабеллой Баварской, и возможно, стать ей возлюбленным. Герцог Бургундии сумел получить назначение в соответствии с королевским декретом – в течение одного из периодов "отсутствия" короля, когда проявилась его умственная болезнь – как опекун дофина и детей короля. Это не улучшало отношения между ними.
Вскоре оба конкурента перестали стесняться открытых угроз в адрес друг друга. Их дядя герцог Беррийский Иоанн обеспечил клятву о торжественном согласовании, но три дня спустя, 23 ноября 1407 года герцог Людовик Орлеанский был жестоко убит на улице Парижа. Он подвергся нападению после остановки своей лошади группой мужчин, которые забрали его оружие, сделав герцога беззащитным. Заказчиком считался герцог Бургундии, и в этом никто не сомневался, так как он сам признал своё участие, объявив, что это было допустимым актом "тираноубийства". После побега из Парижа и нескольких столкновений с арманьяками, Иоанн сумел вернуть доверие короля. В 1409 наследники герцога Орлеанского вынуждены были с ним примириться (Шартрский договор), по которому король прощал преступления герцога Бургундии. Более поздний указ возобновил опекунство Иоанна над дофином.
После спора с орлеанцами, решенным в его пользу, Иоанн не мог чувствовать себя в легком положении. Сын и наследник Людовика, Карл собрал союзников, среди которых был Бернар VII д’Арманьяк, чтобы поддержать свои требования о возврате конфискованой у него собственности. Мир был торжественно заключён в 1410 году, и Иоанн возвратился в Бургундию. Арманьяки не были довольны своей политической властью, и после того, как произошёл ряд бунтов и нападений на горожан, Иоанн был отозван в столицу, затем послан назад в Бургундию в 1413 году.
Два года спустя, войска Иоанна приступили к осаде Парижа. 30 мая 1418 года он захватил город, где подверг своих противников (арманьяки) чрезвычайно жестоким преследованиям. Однако дофину, будущему королю Карлу VII удалось убежать из города. Иоанн расположился в Париже и провозгласил себя защитником короля. Хотя и не являясь открытым союзником англичан, Иоанн не сделал ничего для предотвращения сдачи Руана в 1419 году. С оккупированной англичанами северной Францией и Парижом, занятым Бургундией, дофин пробовал заключить соглашение с Иоанном. Они встретились в июле и поклялись соблюдать мир на мосту Поули, рядом с Мелёном. На том основании, что мир не был достаточно подкреплён встречей в Пойли, новая встреча была назначена на 10 сентября 1419 года на мосту в Монтеро. Иоанн Бесстрашный прибыл со своим эскортом для участия в дипломатической встрече. Но на этом свидании Иоанн был убит рыцарями из свиты дофина, возглавляемыми графом Танги дю Шателем и виконтом де Нарбонн. Ему отрубили левую руку, которой он инстинктивно закрывался от удара, а затем разрубили череп до самого подбородка. Те же раны и тем же оружием были нанесены двенадцать лет назад Людовику Орлеанскому.
Похоронен герцог был в Дижоне. Сын и преемник Иоанна, Филипп III Добрый, стал мстителем за убийство отца, заключив союз с англичанами.