Юный Грегорио Папарески начал церковную карьеру каноником Латеранского собора, а при Пасхалии II получил сан кардинал-дьякона Сант-Анджело.
В 1118 г. он отправился в изгнание вместе с Геласием II. Любопытно, что одним из его спутников был будущий конкурент кардинал Пьерлеони. В 1119 г. Каликст II направил Папарески в Германию вместе с Ламберто Сканабекки для подготовки Вормсского конкордата.
В первой половине XII в. Рим стал ареной противостояния двух знатных родов, Франьипани и Пьерлеони. Они вели борьбу в том числе и за Святой Престол, уговаривая кардиналов голосовать за своих кандидатов. На следующий день после смерти Гонория II. 16 кардиналов избрали папой Грегорио Папарески, кандидата от партии Франьипани. В тот же день 30 кардиналов выбрали папой Пьетро Пьерлеони. Оба избранника получили посвящение в один и тот же день 23 февраля 1130 г. Папарески взял имя Иннокентий II, а Пьерлеони - Анаклет II. Вскоре Франьипани отказались поддерживать своего кандидата, и Иннокентий удалился сначала в родовой замок Трастевере, а затем во Францию, где был принят Людовиком VI. Во Франции он провел ряд синодов, на которых убеждал епископов в законности своего избрания. Тем временем в Германии Норберт Магдебургский и Конрад Зальцбургский организовали синод в Вюрцбурге, на котором король Лотарь присягнул на верность папе. 22 марта 1131 г. Лотарь и Иннокентий встретились в Льеже. Там же неделю спустя папа торжественно короновал Лотаря и его супругу Рикензу королевской короной. Пасху 1131 г. Иннокентий справлял в Париже, а осенью того же года во время синода в Реймсе короновал принца Людовика.
В августе 1132 г. по просьбе папы Лотарь предпринял поход в Италию и дошел до Рима. 4 июня 1133 г. Иннокентий короновал его императором, но эта церемония состоялась в Латеранском дворце, так как собор Святого Петра и охраняющий подступы к нему замок Сант-Анджело находились в руках Анаклета. После отъезда императора Иннокентий также был вынужден покинуть Рим, находившийся под властью антипапы. В 1137 г. он упросил Лотаря начать новый поход в Италию и с его армией снова вошел в Город. Через несколько месяцев Анаклет, продолжавший удерживать часть Рима, умер, а избранный вместо него антипапа Виктор IV, отказался от тиары. Так Иннокентий II стал единоличным правителем Города и Святого Престола.
Чтобы уничтожить остатки ереси, Иннокентий созвал Десятый Вселенский собор, известный также как Второй Латеранский. Он начался 4 апреля 1139 г. в присутствии тысячи епископов и других прелатов. Деяния Анаклета II были признаны незаконными, поставленные им епископы, за редким исключением, были смещены. Было принято 30 канонов против симонии и половой распущенности духовенства. Также на соборе было осуждено еретическое учение Арнольда Брешианского, пропагандировавшего добровольную бедность духовенства и выступавший против притязаний папы на светскую власть. Возмущенные этим решением собора римляне подняли восстание, свергли папского префекта, а вместо него создали сенат и избрали патриция (им стал Джордано Пьерлеони, младший брат покойного Анаклета II). Сам Арнольд впоследствии стал идеологическим вождем "коммунальной республики", основанной в 1143 г.
Остаток понтификата Иннокентий II провел в Риме, оставаясь лишь духовным владыкой и не имея никакой политической власти. В 1139 г. он принял в Риме Малахию, архиепископа Армага. Папа сделал его легатом во всей Ирландии, но не позволил оставить епархию ради монастыря в Клерво. В 1141 г. у Иннокентия возник конфликт с Людовиком VII по вопросу назначения архиепископа Бурже. Французский король отказался утвердить Пьера де ла Шатре, желая назначить на этот пост своего ставленника. После долгих и безуспешных переговоров Иннокентий наложил на Францию интердикт. В последние годы своего понтификата Иннокентий провел ряд малозначительных синодов, на которых разбирались вопросы церковной дисциплины, разрешались брачные споры, канонизировались святые.
Иннокентий II был похоронен в базилике св. Иоанна, а восемь лет спустя его останки перенесли в церковь св. Марии в Трастевере.