В возрасте 13 лет вступил в освободительную армию Симона Боливара и позже стал одним из самых доверенных его генералов.
Родился в Пуэрто-Кабельо в Венесуэле 19 июля 1800. В возрасте 13 лет вступил в освободительную армию Симона Боливара и позже стал одним из самых доверенных его генералов. После того как в 1830 Великая Колумбия, созданная Боливаром, распалась на три государства – Новую Гранаду, Венесуэлу и Эквадор, Флорес стал первым президентом Эквадора (1830–1835). Будучи по складу мышления военным, Флорес навязал Эквадору милитаристскую модель государственного управления. Тотчас после отделения Эквадора началось соперничество между столицей Кито и портовым Гуаякилем, разгорелся пограничный спор с Колумбией. Чтобы удержаться у власти и сохранить целостность государства перед угрозой колумбийской интервенции, Флорес был вынужден пойти на компромисс с гуаякильской Либеральной партией, которой руководил Висенте Рокафуэрте. Соблюдая условия соглашения, по окончании президентского срока Флорес уступил пост Рокафуэрте, а в 1839 вернулся к власти и возглавлял правительство до 1845. Реакционная диктаторская политика Флореса и его попытки закрепить свою власть с помощью новой конституции вызвали восстание либералов, и в марте 1945 он был свергнут и выдворен из страны. В 1859 вернулся на родину по приглашению диктатора Габриэля Гарсия Морено, чтобы навести порядок в стране, пребывавшей в хаосе и анархии после гражданских раздоров. Хотя эта задача и была выполнена, политическая звезда Флореса закатилась, и он вновь отправился в изгнание. Умер Флорес на борту корабля у побережья Эквадора близ города Санта-Роса 1 октября 1864.