Учился на физико-математическом и историческом факультетах Киевского университета. Участвовал в революционной деятельности, был арестован и осужден. После освобождения из тюрьмы продолжил учебу, участвовал в работе психологического семинара Г.И.Челпанова.
Первый значительный труд Шпета – монография Проблема причинности у Юма и Канта (1907). В 1907–1910 преподавал в Московском университете, на Высших женских курсах, в университете Шанявского. В 1910–1911 стажировался Геттингенском университете, слушал лекции Гуссерля. «Феноменологический» период в творчестве Шпета открывает его книга Явление и смысл (1914), представляющая собой критический анализ сочинения Гуссерля Идеи к чистой феноменологии и феноменологической философии. В 1916 Шпет защитил в Московском университете магистерскую диссертацию История как проблема логики. С 1917 издал философский ежегодник «Мысль и слово», где опубликовал ряд оригинальных работ: Мудрость или разум?, Скептик и его душа и др. В 1918 завершил свой главный труд Герменевтика и ее проблемы. В послереволюционные годы Шпет участвовал в работе Московского лингвистического кружка, его идеи оказали влияние на Р.Якобсона, Р.Шора и др. В 1921 был отстранен от преподавания в Московском университете, но некоторое время сохранял связь с университетом благодаря деятельности созданного им «Этнографического кабинета». В 1922 вышли в свет его Очерки развития русской философии. С 1923 по 1929 Шпет возглавлял Отделение философии в Российской академии художественных наук (с 1927 – Государственная академия художественных наук). В последние годы жизни много занимался переводами (Диккенса, Байрона, Шекспира; осуществил перевод Феноменологии духа Гегеля). В 1935 был арестован и сослан в Енисейск, а затем в Томск. Шпет был расстрелян в Томске 16 ноября 1937.
Перспективы философского развития Шпет связывал с направлением, которое он называл «положительной философией». В работе История как проблема логики задача «положительной философии» формулируется как обоснование и оправдание действительности, признание ее изначальной, онтологической подлинности. В конечном счете критерием истинности такого «положительного» обоснования признаются интуитивные очевидности, универсальные принципы аксиоматического типа. Действительность может быть воспринята и понята только в своем единстве – вся, во всех своих проявлениях. Вопрос о «подлинном» и «мнимом» носит относительный характер: все зависит от точности подхода, от точности определения места того или иного явления в структуре действительности. «Иллюзорному» и «мнимому» также найдется место в мировом универсуме, надо только уметь его найти. К «положительному» направлению в мировой философии Шпет относил Платона, Декарта, Лейбница, Гегеля; «отрицательное» же направление связывал с именами Протагора, Локка, Юма, Канта. В феноменологии Гуссерля Шпет усматривал основу для постижения различных феноменов (состояний) действительности и верного выбора философского «пути» в мире символических связей и иерархических отношений. В поздний период творчества особое внимание уделял философии языка и проблемам герменевтики.