Пришел к власти в результате военного переворота, свергшего президента Анж-Феликса Патассе. После двухлетнего «переходного периода» Бозизе в 2005 г. выиграл президентские выборы. В первом туре, состоявшемся в марте 2005 г., он не смог набрать более 50% голосов, однако второй тур (май 2005 г.) принёс ему победу над кандидатом от оппозиции Мартеном Зигеле.
Бозизе родился в г. Муила, Габон, закончил военный колледж в центральноафриканской провинции Буар, получив к 1975 г. звание капитана. В 1978 г. император Бокасса назначил его бригадным генералом. После свержения Бокасса Давидом Дако в 1979 г., Бозизе занял пост министра обороны, а во время правления генерала Колингбы (1981—1993) — пост министра связи. Однако, впоследствии Бозизе был обвинён в подготовке переворота, в июле 1989 г. арестован в г. Котону, Бенин, заключён в тюрьму и подвергнут пыткам. Оправдан и освобождён он был только в конце 1991 г.
Бозизе выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах 1993 г., но проиграл ставшему в итоге президентом Анж-Феликсу Патассе.
Долгие годы Бозизе считался сторонником Патассе, помогая ему подавлять армейские мятежи в 1996 и 1997 гг. Во многом за эти заслуги, Бозизе и был назначен главой Генштаба Вооружённых Сил Центральноафриканской Республики.
Тем не менее, в мае 2001 г. на фоне очередной провалившейся попытки государственного переворота лояльность Бозизе была поставлена под вопрос. Мятеж был разгромлен с помощью ливийских армейских подразделений. Бозизе отказался отвечать на вопросы, касающиеся его роли в подготовке переворота, в конце октября 2001 г. был отстранён от должности начальника Генштаба армии, лишён генеральского звания и в ноябре с 300 сторонниками бежал в Чад.
С территории Чада, отряды Бозизе в течение всего 2002 г. осуществляли набеги на ЦАР. В октябре, они даже попытались захватить столицу страны, Банги, бои там продолжались в течение шести дней. Однако с помощью ливийских солдат и 1000 бойцов, направленных на помощь президенту Патассе командующим Движения за освобождение Конго (повстанческая группировка из Демократической Республики Конго) Жан-Пьером Бемба, Патассе смог отбить атаку на город. Но, выбив из столицы повстанцев, союзники начали грабить Банги и творить насилие в отношении её жителей, что послужило поводом для обвинения президента в злоупотреблении властью и измене родине. Отвечая на многочисленные призывы оппозиции к диалогу, господин Патассе заявлял, что он намерен "вскоре провести переговоры с лидерами политических партий и гражданского населения" и обсудить пути выхода из кризиса, а также обвинил президента Чада Идрисса Деби в оказании помощи мятежникам, но Деби отверг все обвинения.
15 марта 2003 г. попытки Бозизе захватить власть наконец увенчались успехом. Во второй половине дня в Банги вторглись отряды вооружённой оппозиции, которые, не встретив ощутимого сопротивления, установили полный контроль над городом, в том числе и аэропортом. В ходе непродолжительных боев за столицу иностранные посольства и их персонал не пострадали. Однако городу был нанесён незначительный материальный ущерб. Переворот был осуществлён во время отсутствия в стране президента Патассе, находившегося с визитом в Нигере. Патассе был вынужден уехать в Камерун, а затем в Того.
После прихода к власти Бозизе приостановил действие конституции ЦАР 1995 г. Новая конституция, не слишком отличающаяся от старой, была одобрена избирателями на референдуме 5 декабря 2004 г. Первоначально, Бозизе заявлял, что не будет баллотироваться на предстоящих президентских выборах, однако после успеха конституционного референдума, он объявил о намерении выставить свою кандидатуру.
В конце декабря 2004 г., в президентской гонке участвовало 5 кандидатов, одним из которых был Бозизе. В начале января 2005 г. Бозизе объявил, что три ранее исключённых кандидата, будут также допущены к участию в выборах, а в конце месяца группа претендентов на высший пост в государстве выросла до 11 человек. Единственным, кому не было позволено выставить свою кандидатуру, был бывший президент Патассе.
После месячной отсрочки 13 марта состоялся первый тур, в котором, согласно официальным данным, Бозизе удалось завоевать чуть меньше 43% голосов избирателей. Во второй тур, помимо действующего президента, вышел бывший премьер-министр ЦАР Мартен Зигеле. Голосование состоялось 8 мая. Согласно официальным результатам, объявленным 24 мая, победу в нём одержал Франсуа Бозизе, набравший 64.6% всех голосов. Официальное вступление Бозизе в должность состоялось 11 июня. 13 июня 2005 г. новым премьер-министром страны был назначен Эли Доте.
В начале марта 2004 г., Центральноафриканская Республика вновь попала на первые страницы мировых газет, после того, как стало известно, что Бозизе решил предоставить убежище свергнутому гаитянскому президенту Жану-Бертрану Аристиду. Однако надолго Аристид в ЦАР не задержался.