В 12 лет Франц Пфорр потерял родителей, на следующий год единственного брата и с 1801 года воспитывался в Касселе у дяди, известного художника Иоганна Генриха Вильгельма Тишбейна. Там он начал заниматься живописью и в 1805 году поступил в Академию художеств в Вене, где его преподавателем стал художник-классицист Генрих Фридрих Фюгер.
Отец Франца Пфорра, Иоганг Георг Пфорр, был художником, специализировавшимся на изображениях лошадей. Мать, Иоганна Кристиана Пфорр, происходила из художественной семьи Тишбейн. В 12 лет Франц Пфорр потерял родителей, на следующий год единственного брата и с 1801 года воспитывался в Касселе у дяди, известного художника Иоганна Генриха Вильгельма Тишбейна. Там он начал заниматься живописью и в 1805 году поступил в Академию художеств в Вене, где его преподавателем стал художник-классицист Генрих Фридрих Фюгер.
Пфорр и его соученики Людвиг Фогель, Иоганн Конрад Готтингер и Фридрих Овербек были недовольны обучением, ожидая вместо ориентации на классическое искусство более современного подхода и внимания к духовным ценностям. Они видели собственный путь в искусстве в сближении с искусством старых мастеров.
В 1809 году молодые художники основали Союз святого Луки, художественное объединение, пропагандировавшее идеи романтизма. Это привело к конфликту в самой Академии, в результате чего Овербек в 1810 году был из неё исключён, и члены Союза святого Луки, включая Пфорра, отправились в Италию и 20 июня 1810 года прибыли в занятый наполеоновскими войсками Рим, где поселились в здании монастыря Сан-Исидоро. Их целью было изучение работ старых итальянских мастеров и возвращение к искусству итальянского Возрождения. Это движение стало позже известно под названием назарейского и сыграло большую роль в развитии европейского романтизма начала XX века.
Пфорр умер от туберкулёза в Риме в возрасте 24 лет, не дожив до признания своего творчества.
Наследие Пфорра составляют лишь шесть картин («Граф фон Габсбург», «Въезд императора Рудольфа в Базель», «Святой Георгий», «Автопортрет», а также аллегория дружбы на себя и Овербека) и несколько сотен рисунков, включая иллюстрации к Дон Кихоту и к поэме Гёте Гёц фон Берлихинген. Несмотря на это, его причисляют к основателям и важнейшим представителям немецкого романтизма. В его творчестве сильна религиозная тематика.