За сборную Мексес сыграл всего 13 матчей и стал победителем Кубка конфедераций 2003 года.
Филипп Мексес начинал играть в футбол в клубе «Тулуза», а в шестнадцатилетнем возрасте оказался в молодёжной команде «Осера». В основном составе клуба дебютировал 10 ноября 1999 года в матче с «Труа». В «Осере» раскрылся талант молодого защитника — его приглашали сначала в юношеские сборные Франции
(до 18 и 21 года), а в августе 2002 года — в национальную. За сборную Мексес сыграл всего 13 матчей и стал победителем Кубка конфедераций 2003 года. Последний вызов в сборную состоялся в апреле 2009 года. После ухода из сборной Лилиана Тюрама стал вновь вызываться в сборную .
В 2004 году перешёл
в «Рому». После первого сезона в основе клуба из столицы Италии, Мексес оказался в запасе в начале сезона 2005—2006, уступив место в основном составе ганцу Самуэлю Куффуру. Однако после отъезда Куффура на Кубок африканских наций Мексес быстро вернул себе место в составе и стал одним из ключевых игро
ков команды. В мае 2011 года на правах свободного агента перешел в «Милан».
Лучший молодой футболист Франции: 2000
Чемпион Европы (до 18 лет): 2000
Финалист Чемпионата Европы среди молодёжных команд: 2002
Обладатель Кубка конфедераций: 2003
Обладатель Кубка Франции: 2003
France