Американский боксёр-профессионал, выступающий в 1-й средней весовой категории. Бывший чемпион мира в 1-й средней весовой категории по версиям WBA (2001-2002) и IBF (1999-2000).
Дебютировал в 1997 году.
В декабре 1998 года досрочно победил чемпиона в 1-м среднем весе по версии IBF Луис Рамона Кампаса.
В декабре 1999 года Фернандо Варгас встретился с левшой Рональдом "Уинки" Райтом. Это был 1-й бой Варгаса в котором он не смог нокаутировать противника. Мало того, Райт имел преимущество в бое, однако судьи большинством голосов неожиданно дали победу Варгас. После объявления результата зал недовольно загудел. На карте Харольда Ледермана значилась победа Райта, на карте Ларри Мерчанта - ничья.
В декабре 2000 года состоялся бой двух непобежденных бойцов - Фернандо Варгаса и Феликса Тринидада. В начале 1-го раунда Тринидад левым крюком на встрече попал Варгас прямо в челюсть. Варгаса повело. Тринидад обрушил град ударов на голову противника. Варгас не удержался на ногах и упал. Он сразу же встал. Сразу после продолжения поединка Тринидад налетел на Варгаса. Он пробил 2 левых крюка, 2-й из которых пришелся в челюсть. Варгас вновь упал. Варгас вновь быстро встал. Тринидад не смог сразу же добить противника. В начале 4-го раунда Варгас встречным левым хуком попал Тринидаду в челюсть, после чего тот оказался на полу. Тринидад сразу же встал. Варгас бросился добивать пуэрториканца. В контраатаке Тринидад попал ему в пах. Варгас согнулся. Рефери приостановил бой, дал время на отдых американцу и снял очко с пуэрториканца. В 10-м раунде Варгас попал в пах Тринидаду. Тринидаду этот удар не причинил вреда, тем не менее рефери снял очко с Варгаса. В 12-м раунде Тринидад красивым левым хуком попал в челюсть Варгаса. Варгас свалился на канвас. Варгас быстро поднялся. Рефери разрешил продолжить бой. Тринидад 1-м же ударом - тем же левым хуком - пробил снова в челюсть, и Варгас снова упал. Американец встал на счет 4. После возобновления поединка Тринидад набросился на противника. Варгас уклонялся от ударов. Тринидад выбросил несколько ударов мимо, затем несколько ударов попали в цель. Варгас выглядел потрясенным. Он попытался клинчевать, но неудачно. Тринидад вовремя отошел от него и левым хуком попал точно в челюсть Варгаса, и тот вновь упал. Рефери Джей Нейди остановил бой, не открывая счет.
В сентябре 2002 года состоялся объединительный бой в 1-м среднем весе между чемпионом по версии WBA Фернандо Варгасом и чемпионом по версии WBC Оскаром Де Ла Хойей. В середине 11-го раунда Де Ла Хойя нпровёл левый хук в челюсть противника, и тот упал. Варгас сразу же поднялся. Де Ла Хойя бросился его добивать. Варгас прижался к канатам и пытался выжить. Затем Варагс оторвался от канатов и спиной попятился через ринг, пока не прижался к углу. Де Ла Хойя его там запер и выбросил огромное количество ударов. Видя это избиение, рефери прекратил поединок.
В 2006 году он дважды досрочно уступил Шейну Мосли.