Патриарх Питирим сначала пытался лично вернуть ее на путь истинный, но после отповеди раскольницы о том, что патриарх он не настоящий, поскольку на нем надета тиара Папы Римского, приказал выставить "бешеную" вон. Стрельцы тащили ее за цепь, прикованную к шее, во двор, волоча головой по каменным ступеням. На следующий день и Морозову, и Урусову пытали, как разбойников, заставляя отречься от раскольничества. Но они не проронили ни слова. Обычно в таких случаях применялось одно наказание – сожжение.
12 ноября 1675 года в заточении умерла боярыня Феодосия Прокопьевна Морозова, одна из трех ближайших сподвижниц духовного лидера раскольников протопопа Аввакума. Он называл этих трех женщин «святой, блаженной и мученической троицей». Кроме Морозовой в "троицу" входили ее родная сестра княжна Евдокия Урусова и жена стрелецкого полковника Мария Данилова.
Эти две женщины и составляли фактически все общество боярыни в те годы, когда она еще жила на свободе. Ее образ жизни, при котором не было значимо ничего, кроме правильного и полного выполнения библейских заповедей, заставил боярыню порвать все дружеские и даже родственные связи. Некоторые доброжелатели пробовали указывать Феодосии на то, что такой образ жизни матери негативно скажется на карьере ее единственного сына, но она отвечала: «Я больше люблю Христа, чем моего сына». Когда же этот сын вырос и уже не нуждался в материнской опеке, боярыня и вовсе постриглась в монахини, правда, сделала это тайно, оставшись тем самым в миру. Но только непосвященный мог назвать это жизнью в миру – для Феодосии Прокопьевны мира больше не существовало. Она даже не почтила своим присутствием свадьбу царя Алексея Михайловича на Наталье Нарышкиной. Что и решило ее судьбу.
Царь, заинтересовавшись причиной отсутствия представительницы одной из знатнейших фамилий, с интересом для себя узнал, что в Москве существует и процветает ячейка раскольничества, которое он, Алексей, выкорчевывал из своих подданных не покладая рук. Феодосию Морозову и Евдокию Урусову арестовали ночью. Когда ее переводили из одной тюрьмы в другую, и когда сани с заключенной проезжали мимо Кремля, боярыня, полагая, что царь видит ее, подняла вверх два перста и потом осенила себя крестным знамением по-раскольничьи. Каковой эпизод и запечатлел потом художник Суриков.
Местом заключения Морозовой определили Печерский монастырь. Патриарх Питирим сначала пытался лично вернуть ее на путь истинный, но после отповеди раскольницы о том, что патриарх он не настоящий, поскольку на нем надета тиара Папы Римского, приказал выставить "бешеную" вон. Стрельцы тащили ее за цепь, прикованную к шее, во двор, волоча головой по каменным ступеням. На следующий день и Морозову, и Урусову пытали, как разбойников, заставляя отречься от раскольничества. Но они не проронили ни слова. Обычно в таких случаях применялось одно наказание – сожжение. Но поскольку речь все же шла не о разбойниках, а о знатных дамах, царь долго колебался. Говорят, он даже прислал к Феодосии гонца со словами: "Ничего не говори, только подними публично вверх руку с тремя сложенными перстами, и к воротам монастыря будет подан личный царский экипаж, чтобы отвезти тебя домой". На это Морозова ответила: «У меня у самой были прекрасные экипажи. Я о них не жалею. Вели сжечь меня – это единственная честь, которой я не испытала и которую сумею оценить!»
Но ее все-таки не сожгли. Вместе с сестрой боярыню отправили в захолустный Боровск, где держали в вырытых в земле ямах, и кормили впроголодь. Первой умерла Урусова, потом, всего месяц спустя, Морозова. Говорят, что перед самой смертью она просила стражников после ее кончины снять с нее и постирать единственную ее рубашку, поскольку она хотела предстать перед господом в чистом белье.