В 1993 году Е.А. Лужников избран членом-корреспондентом, а в 2004 году — действительным членом Российской академии медицинских наук. Член-корреспондент Академии технологических наук РФ (1992), член Европейской ассоциации клинических токсикологов (1992), заместитель председателя правления Всероссийского общества токсикологов (1995).
Родился 27 сентября 1934 года в Москве. Отец — Лужников Алексей Федорович (1907—1963). Мать — Лужникова Наталья Васильевна (1909 г. рожд.). Супруга — Лужникова Алина Ивановна (1934 г. рожд.). Сын — Лужников Игорь Евгеньевич (1959 г. рожд.).
В 1952—1954 годах Е.А. Лужников учился в Московском государственном институте международных отношений, затем — в Московском педагогическом институте иностранных языков (1955—1959). Окончив 2-й Московский медицинский институт имени Пирогова (1954—1960), работал выездным врачом на станции скорой медицинской помощи (1960—1963).
С 1964 по 1972 год Е.А. Лужников был ассистентом, затем доцентом кафедры госпитальной терапии в 1-м Московском медицинском институте имени И.М. Сеченова. С 1972 года Евгений Алексеевич руководит научным отделением и Московским городским центром острых отравлений в Московском НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского. С 1986 года он также заведует кафедрой клинической токсикологии Российской медицинской академии последипломного образования.
Е.А. Лужников разработал и внедрил в клиническую практику новые методы диагностики и лечения основных видов острых отравлений химической этиологии, в частности лекарственными препаратами психотропного действия, алкоголем и его суррогатами, фосфорорганическими инсектицидами, прижигающими жидкостями, соединениями тяжелых металлов, угарным газом. Им впервые применен метод гемосорбции при лечении острых отравлений и эндотоксикозов, открывший новое направление искусственной детоксикации организма. Разработаны и внедрены новые технологии лечения токсикозов методом физиогемотерапии, в том числе путем непосредственного воздействия на кровь магнитных полей (постоянных и переменных), ультрафиолетового и лазерного облучения (магнитная, ультрафиолетовая, лазерная гемокоррекция), что позволило в два раза снизить летальность при острых отравлениях лекарствами. В 1967 году Е.А. Лужников защитил кандидатскую, в 1971 году — докторскую диссертацию.
Во многом благодаря исследованиям Е.А. Лужникова клиническая токсикология оформилась в самостоятельную научную и врачебную дисциплину. Еще в 1963 году Е.А. Лужниковым организовано первое в России специализированное токсикологическое отделение, а в 1972 году — первое научное отделение в НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского. В 1986 году создана первая в мире кафедра клинической токсикологии в Российской академии последипломного образования. Ныне токсикологические центры функционируют ныне в 40 крупных городах России.
Результаты научных исследований Е.А. Лужникова нашли отражение в более чем 520 работах, в том числе 20 монографиях. Среди них: первые в России учебник для медвузов и руководство для врачей по клинической токсикологии — “Клиническая токсикология” (1982, 1994, 1999) и “Острые отравления” (1989, 2000), а также “Основы реаниматологии при острых отравлениях” (1977), “Детоксикационная терапия” (1999), “Неотложная терапия острых отравлений и эндотоксикозов” (2001), “Неотложные состояния при острых отравлениях” (2001), “Физиогемотерапия острых отравлений” (2002).
В 1993 году Е.А. Лужников избран членом-корреспондентом, а в 2004 году — действительным членом Российской академии медицинских наук. Член-корреспондент Академии технологических наук РФ (1992), член Европейской ассоциации клинических токсикологов (1992), заместитель председателя правления Всероссийского общества токсикологов (1995).
В 1979 году за разработку и внедрение метода гемосорбции Е.А. Лужникову присуждена Государственная премия СССР, в 1999 году за учебник “Клиническая токсикология” — премия Правительства Российской Федерации. Лауреат премии мэрии города Москвы за научные достижения в медицине (1994). В 2000 году Е.А. Лужников удостоен почетного звания “Заслуженный деятель науки РФ”. Награжден орденом Дружбы народов (1987).
Евгений Алексеевич увлекается туризмом, горными лыжами, поэзией. В 1997 году в Екатеринбурге вышел его первый сборник сонетов “Откровения”.
Живет и работает в Москве.