Дипломатическую карьеру начал в 1960 году в консульском отделе американского посольства в Гонконге. Был послом в Мексике и на Филиппинах
Знающие Джона Негропонте люди отзываются о нем как об одном из «самых блестящих американских дипломатов». Такого же мнения и президент США Джордж Буш. Он назначил Негропонте, занимавшего до этого пост постоянного представителя США при ООН, послом в Ирак. Посольство в Багдаде станет крупнейшим диппредставительством США за рубежом. В нем будет 3 тысячи сотрудников.
Родился 21 июля 1939 года. Окончил престижный Йельский университет (1960) со степенью бакалавра гуманитарных наук. Свободно владеет французским, вьетнамским, испанским и греческим языками. Предки Негропонте перебрались в Америку из Греции.
Дипломатическую карьеру начал в 1960 году в консульском отделе американского посольства в Гонконге. Был послом в Мексике и на Филиппинах. Когда в начале 80-х годов Негропонте служил послом в Гондурасе, с его именем был связан шумный скандал. Эта «банановая республика» несколько лет служила плацдармом для засылки в соседнюю Никарагуа отрядов «контрас», воевавших с тогдашними властями. Выяснилось, что к финансированию «контрас» имел непосредственное отношение и американский посол.
Женат, у него пятеро детей.