До Гражданской войны он делал карьеру в армии США, служил на границе, участвовал в войне с семинолами и Мексиканской войне, где дважды был повышен в звании за мужество и достойную службу.
Джон Пембертон родился в Филадельфии в 1814 году. В 1837 году он окончил академию Вест-Пойнт.
До Гражданской войны он делал карьеру в армии США, служил на границе, участвовал в войне с семинолами и Мексиканской войне, где дважды был повышен в звании за мужество и достойную службу.
Несмотря на то, что он родился на Севере, Пембертон всегда поддерживал концепцию непререкаемости прав штатов и в апреле 1861 года подал в отставку, чтобы предложить свои услуги правительству Конфедерации. Два его брата продолжали служить в федеральной армии.
В феврале 1862 года Пембертон, к тому времени уже генерал Конфедерации, сменил генерала Ли на посту командующего военным округом Южной Каролины, Джорджии и Флориды. Пембертон был страстным конфедератом, но южане не доверяли ему из-за его северного происхождения.
Президент Джефферсон Дэвис полагался на верность и способности Пембертона и в октябре 1862 года поставил его во главе обороны Виксберга и Порта Гудзон на Миссисипи – двух крепостей конфедератов, не позволявших федералам контролировать реку.
Несмотря на героическую и упорную оборону Виксберг в конце концов сдался союзной армии под командованием генералаГранта 4 июля 1863 года. Из-за северного происхождения Пембертона многие на Юге обвиняли его в предательстве, сдаче Виксбурга и пленении 29 000 солдат Конфедерации.
Когда Пембертона все же выменяли из плена в мае 1864 года, солдаты и народ Юга ему больше не доверяли, и было невозможно подыскать пост, соответствовавший его высокому рангу. Поэтому Пембертон был вынужден уйти в отставку в звании генерал-лейтенанта и после этого поступить на службу в качестве рядового. Дэвис присвоил ему звание подполковника и отправил его на защиту Ричмонда, где он и прослужил последние девять месяцев войны.
После войны Пембертон жил на ферме в Виргинии до 1876 года, когда он вернулся в Пенсильванию, где и умер в 1881 году.