Один из основоположников современной популяционной, математической, молекулярной и биохимической генетики, а также синтетической теории эволюции. Член Лондонского королевского научного общества (с 1932), иностранный почётный член академий наук целого ряда стран, включая СССР (с 1942). Член Коммунистической партии Великобритании с 1937.
Дж. Б. С. Холдейн, сын известного физиолога Джона Скотта Холдейна и Луизы Кэтлин Холдейн (Троттер в девичестве), был потомком старого шотландского аристократического рода. Многие выходцы из семьи Холдейнов занимали видное положение в британской политике, науке и культуре. В частности, дядя генетика Ричард Холдейн некоторое время был военным секретарём в британском кабинете, а его младшая сестра Наоми Митчисон и тётя Элизабет Холдейн стали писательницами.
Ещё в восьмилетнем возрасте Дж. Б. С. Холдейн приобщился к научным исследованиям в качестве ассистента отца. На протяжении шести лет учился в Дрэгон-скул (колледж Итон). В 1911 поступил в Нью-Колледж при Оксфордском университете, который окончил в 1914. В январе 1915 отправлен на фронт, до конца Первой мировой войны сражался в качестве артиллерийского офицера во Франции и Ираке. За энтузиазм и активность он был прозван в своих войсках «Бомбо». В армии Холдейн проникся социалистическими убеждениями; в частности, в это время он писал: «Если при жизни я увижу Англию, в которой социализм сделает профессию бакалейщика такой же почётной, как и солдата, я умру счастливым». В январе 1919 Холдейн был демобилизован из армии и вернулся в Британию.
После войны был аспирантом в Нью-Колледже (1919—1922), а затем преподавал в Кембриджском университете (1922—1932), Калифорнийском университете в Беркли (1932) и Лондонском университете (1933—1957). В колледже Лондонского университета он также заведовал кафедрой генетики и биометрии. В 1952 Холдейн был награждён Дарвиновской медалью Королевского научного общества, в 1956 — медалью имени Хаксли Королевского антропологического института. Несмотря на оказываемые ему почести, Холдейн не мог смириться с политикой британского руководства и в качестве протеста против Суэцкой войны 1956 решил выехать из страны. В 1957 Холдейн по приглашению Прасанты Чандры Махаланобиса и Джавахарлала Неру перебрался в Индию, где принял индийское гражданство и до 1961 руководил лабораторией генетики и биометрии в Калькутте, после чего возглавил аналогичную государственную лабораторию в штате Орисса.
Джон Бёрдон Сандерсон Холдейн умер 1 декабря 1964, завещав своё тело медицинскому колледжу Рангарайя в Какинаде для опытов. В 1977 к востоку от города Тируванантапурам на юге Индии был учреждён Международный мемориальный научно-исследовательский центр имени Дж. Б. С. Холдейна. В 1990 под редакцией Кришны Р. Дронамрайю, бывшего сотрудника Холдейна, были изданы избранные труды учёного по генетике (Selected Genetic Papers of J.B.S. Haldane).
С 1930-ых Холдейн активно выступал как марксист по политическим и философским убеждениям, что нашло своё отражение в его трудах по философским аспектам естествознания и философии науки вообще («Марксистская философия и науки», 1938). Он также сотрудничал в «Дейли Уоркер» (The Daily Worker), регулярно писал туда статьи и на протяжении нескольких лет возглавлял редакционную коллегию. Кроме того, всемирно известный генетик подготовил первое издание фундаментального труда Фридриха Энгельса «Диалектика природы» на английском языке (1939), написав к нему предисловие и примечания.
В 1937 Холдейн вступил в Компартию Великобритании, в 1942—1943 входил в состав Политбюро КПВ, в 1943—1945 — в состав политического комитета Исполкома партии. Поддерживая социалистические преобразования в СССР (с 1942 он был иностранным почётным членом Академии наук СССР), он вместе с тем охладел по отношению к советскому руководству, особенно после разгрома советск
ой генетической науки и политических процессов против его коллег, инициированных Трофимом Лысенко. В 1950 он приостановил своё членство в Компартии вскоре после того, как выдвигался от неё в парламент.
Дж. Б. С. Холдейн, наряду с рядом других учёных из Великобритании, США, СССР (в первую очередь, следует отметить Сергея Сергеевича Четверикова, Роланда Эймлера Фишера, Сьюалла Райта), сумел связать дарвиновскую теорию эволюции и учение Грегора Менделя о наследственности, основываясь на математических и статистических доказательствах, почерпнутых из анализа количественных и качественных (уровня, размеров, воспроизведения и т.д.) показателей мутаций. Это позволило ему разработать математическую теорию моделирования гена и сцепления наследственных факторов.
Исследовал количественную сторону естественного и искусственного отбора, благодаря чему показал, что элементарная единица эволюционного процесса — популяция, а не отдельная особь («Факторы эволюции», 1932). Определил частоту мутирования генов у человека (1935), ввёл в науке понятие «генетического груза» (1937). Выступил против использования ядерного оружия, вычислив повышение вероятности возникновения мутаций в человеческой популяции вследствие радиоактивного облучения, вызванного взрывом атомной бомбы (1947).
Холдейн также сделал существенный вклад в теорию действия энзимов («Энзимы», 1930), математически обосновав теорию кинетики ферментативного катализа, а также в исследование физиологии человека. Аналитические способности Холдейна в сочетании с широтой его знаний, литературным дарованием и силой личности позволили ему совершить целый ряд важных открытий в разнообразных отраслях биологической науки и воспитать целое поколение выдающихся исследователей.
Дж. Б. С. Холдейн — автор целого ряда основополагающих пионерских работ по генетическим основам эволюции и мутагенезу, связанных с ними проблемам биохимии, биометрии и математической статистики, а также трудов, посвящённых научному прогрессу и месту науки в современном обществе. Холдейн прославился как блестящий популяризатор, сочетавший научность и доступность изложения; его имя называют в одном ряду с Айзеком Азимовым и Ричардом Докинсом.
Медаль Дарвина
В одной из своих речей, произнесённых в 1923 в Кембридже, Холдейн, предрекая истощение ископаемого топлива для производства электроэнергии, предложил заменить тепловые электростанции сетью ветряных электростанций, производящих водород. Это считается первым предложением внедрения альтернативной энергии, основанной на использовании водорода.
Дж. Б. С. Холдейн был близким другом писателя Олдоса Хаксли и послужил прототипом биолога Шируотера из романа Хаксли «Шутовской хоровод» (1923). Идеи, изложенные в эссе Холдейна «Дедал, или наука и будущее», не только предвосхитили многие будущие изобретения, но и оказали значительное влияние (в особенности теория эктогенезиса) на антиутопию Хаксли «О дивный новый мир» (1932).
Известнейший ученик Холдейна, Джон Мейнард Смит (1920—2004), разделял политические и научные взгляды своего учителя.
Знаменитое изречение Холдейна «Я подозреваю, что Вселенная не только страннее (queerer), чем мы себе представляем, но и страннее, чем мы можем представить» (оно цитировалось, в частности, в «Одиссее два» Артура Кларка) перекликается и часто путается со схожими словами астронома Артура Стэнли Эддингтона «Вселенная не только загадочнее (stranger), чем мы себе представляем, но и загадочнее, чем мы можем представить»