В 1746-м, вскоре после получения степени, он получил место профессора философии в Королевском колледже, где преподавал математику и философию. Он также был практикующим врачом и, предпочитая пациентов чтению лекций, оставил свою академическую должность в 1749 году.
Джон Грегори, внук математика и астронома Джеймса Грегори (James Gregory), родился 3 июня 1724 года в Абердине, Шотландия (Aberdeen, Scotland), в семье профессора медицины Джеймса Грегори (James Gregorie) и Анны Чалмерс (Anna Chalmers), второй жены Джеймса. Отец Грегори умер, когда ему было восемь лет, и с тех пор его образованием занимались дед со стороны матери и его сводный брат, тоже профессор медицины.
Его двоюродный брат Томас Рид (Thomas Reid), философ-моралист, также приложил руку к образованию юного Грегори. Он учился в местной грамматической школе, после чего стал студентом Королевского колледжа (King's College) в Университете Абердина (University of Aberdeen).
В 1742 году Грегори вместе с матерью переехал в Эдинбург (Edinburgh), где он изучал медицину. Там он подружился с врачом и поэтом Марком Эйкенсайдом (Mark Akenside).
В 1745 году Грегори отправился в Лейден (Leiden), чтобы продолжить занятия.
В 1746-м, вскоре после получения степени, он получил место профессора философии в Королевском колледже, где преподавал математику и философию. Он также был практикующим врачом и, предпочитая пациентов чтению лекций, оставил свою академическую должность в 1749 году.
2 апреля 1752 года Грегори женился на Элизабет Форбс (Elizabeth Forbes), которая родила ему трех сыновей - в том числе Джеймса Грегори (James Gregory), - и трех дочерей. В 1754 году семья перебралась в Лондон (London), и они вошли в те же социальные круги, где вращались политики Джон Уилкс (John Wilkes), Чарльз Тауншенд (Charles Townshend), Джордж Литтелтон (George Lyttelton) и покровительница искусств и социальная реформистка Элизабет Монтегю (Elizabeth Montagu). Элизабет Монтегю писала, что часы, которые она проводила в обществе Джона Грегори, были одними из самых приятных в ее жизни. Именно в это время шотландский врач начал писать свою фамилию как 'Gregory', а не 'Gregorie'. В 1756 году он был избран членом Королевского общества (Royal Society). Впоследствии Грегори вернулся в Абердин, чтобы занять еще одну преподавательскую должность.
В Абердине Грегори пытался учредить серию медицинских лекций, но, увы, студентов набралось недостаточно. Он также стал активным членом Абердинского философского общества (Aberdeen Philosophical Society). Работа, которую он представил, позже была анонимно опубликована в сборнике 'A Comparative View of the State and Faculties of Man, with those of the Animal World' (1765). Грегори верил в универсальную человеческую природу, которая может быть обнаружена посредством научного эксперимента. Наиболее важными элементами человеческой природы, по его мнению, были разум и инстинкты. Изучение природного мира, по Грегори, должно привести к образованию хорошего вкуса и пониманию религии.
В 1761 году скончалась его жена, и, чтобы почтить ее память, Грегори написал 'Father's Legacy to his Daughters' (букв. 'Отцовское наставление дочерям'), в котором изложил свои взгляды на женское образование и это стало его самой известной публикацией. Сам Грегори задумывал распорядиться передать текст дочерям после своей смерти, однако его сын Джеймс опубликовал работу в 1774-м. 'Наставление' стало бестселлером, выдержало множество переизданий и было переведено на другие языки. Оно содержало советы родителям и женщинам по поводу религии, нравственности, дружбы, взаимоотношений с мужчинами с акцентом на брак. Грегори, кстати, предложил, чтобы женщины скрывали свою ученость от мужчин, предполагая, что это может отпугнуть от них потенциальных женихов – позже его за это яростно критиковали.
В 1764-м Грегори вернулся в Эдинбург и открыл медицинскую практику. Двумя годами позже он стал главным врачом в Шотландии (Scotland) для короля Георга III (George III) и присоединился к преподавательскому составу Эдинбургского Университета (Edinburgh University). С 1767 по 1769 Грегори дал ряд медицинских лекций, а в 1769-м он и Уильям Каллен (William Cullen), другой замечательный шотландский врач и ученый, объединили усилия для практики и теории. Некоторые из своих лекций он опубликовал как 'Observations on the Duties and Offices of a Physician and on the Method of Prosecuting Enquiries in Philosophy' (1770). В 1772-м вышла его работа 'Elements of the Practice of Physic', в которой Грегори исследовал возникновение заболеваний и болезни у детей.
Джон Грегори умер в Эдинбурге 9 февраля 1773 года. Он похоронен на кладбище у церкви Кэнонгейт (Canongate Kirk), но на могильной плите указано только имя его сына Джеймса, который также стал известным врачом и профессором медицины – составленные им порошки использовались при лечении желудочных хворей вплоть до Первой мировой войны.