Президент Филиппин родился 23 сентября 1910 в Лубао (провинция Пампанга, о.Лусон).
Окончил юридический факультет университета Санто-Томбс в 1936, получил возможность работать адвокатом, но большую часть жизни занимал должности в правительстве. В 1941 служил советником по правовым вопросам в администрации президента. В годы Второй мировой войны преподавал в университете. С 1946 по 1949 числился в министерстве иностранных дел, в 1949—1957 был членом нижней палаты филиппинского парламента. 12 ноября 1957 был избран вице-президентом республики от Либеральной партии, набрав на 116 тыс. голосов больше, чем президент от Национальной партии (электорат голосовал раздельно за кандидатов на два высших поста в стране). В результате Макапагал, ставший уже в следующем месяце лидером оппозиционной Либеральной партии, попал в двусмысленное положение, вынужденный на протяжении четырех лет сотрудничать с президентской администрацией. Он отказался от предложенного ему, с условием вступления в Национальную партию, места в кабинете министров и весь срок своего вице-президентства выполнял чисто церемониальные функции при президенте Гарсии.
В январе 1961 Магапагал был выдвинут кандидатом на пост главы государства от Либеральной партии и в ноябре был избран пятым президентом Филиппин, добившись перевеса в 600 тыс. голосов над Гарсией. Магапагал обещал проводить курс на снижение цен и увеличение занятости, однако его экономическая программа провалилась. В 1965 он уступил победу на выборах представителю националистов Маркосу.