Советский и российский футболист, нападающий.
Воспитанник петрозаводской ДЮСШ-7. Первые тренеры — Владимир Александрович Бураков и Станислав Александрович Ильинский.
Выступал за команды «Спартак» из Петрозаводска (1991), «Смена-Сатурн» из Санкт-Петербурга (1992—1993, 1994), «Баден» из Швейцарии (1993—1994), «Зенит» из Санкт-Петербурга (1995—1996), «Ротор» из Волгограда (1997—2004), в составе которого за 8 лет становился призёром чемпионата России, участвовал в еврокубках (Кубок УЕФА, 8 матчей), вызывался в сборную России, «Урал» из Екатеринбурга (2005—2006), «Терек» из Грозного (2007).
В 2008 году выступал за «Кубань» в Первом дивизионе России, сыграл во всех матчах команды в первенстве и Кубке, забил 18 мячей, и по итогам сезона Денис был признан болельщиками лучшим футболистом года в «Кубани» вместе с Аланом Касаевым, им обоим были вручены соответствующие кубки по завершении последней игры сезона 6 ноября.
26 февраля 2009 года стало известно, что Денис подписал однолетний контракт с казахстанским клубом «Атырау», выступая за который был капитаном команды и стал лучшим бомбардиром клуба в сезоне, забив 9 мячей (из них 5 с пенальти).
6 января 2010 года было сообщено, что Зубко вернулся в «Урал», в котором уже выступал ранее.
Всего в Высшей лиге чемпионата России сыграл 220 матчей (31 гол) (результат ещё одного матча, в котором Зубко принимал участие, был аннулирован). В первом дивизионе России сыграл 156 матчей (28 голов).
Сыграл 4 матча в составе сборной России:
30 апреля 1997. Отборочный матч чемпионата мира 1998 года. Россия — Люксембург 3:0. 23 минуты, вышел на замену
22 апреля 1998. Товарищеский матч. Россия — Турция 1:0. 30 минут, вышел на замену
27 мая 1998. Товарищеский матч. Польша — Россия 3:1. 45 минут, вышел на замену
30 мая 1998. Товарищеский матч. Грузия — Россия 1:1. 45 минут, вышел на замену
Серебряный призёр чемпионата России: 1997 (в составе ФК «Ротор»)
Второе место в первом дивизионе России: 2007 (в составе ФК «Терек»; выход в Премьер-лигу)
Второе место в первом дивизионе России: 2008 (в составе ФК «Кубань»; выход в Премьер-лигу)
Третье место в первой лиге России: 1995 (в составе ФК «Зенит»; выход в высшую лигу)
В списке 33-х лучших футболистов чемпионата России (1): № 3: 1996
Обладатель Кубка Казахстана: 2009