Андроник начал свое самостоятельное правление в 1282 г. с умиротворения церкви и приведения в порядок церковных дел, запутанных его отцом.
Всех противников унии, подвергшихся гонениям при Михаиле, он вернул из ссылки. Патриарх Иоанн Векк, более всего радевший о соединении церквей, сам оставил престол и затворился в обители Парахранта. Другой заботой императора стали внешние войны и внутренние смуты, потрясавшие страну во все время его правления. Первые признаки кризиса и ослабления государства, заметные при Михаиле лишь немногим внимательным наблюдателям, при его сыне стали очевидны для всех. Главной бедой империи стал быстрый и полный развал ромейской армии. Сам Андроник был виновен в этом больше других. Еще в первые годы его самостоятельного правления советники уговорили императора сократить издержки на флот, так как миновала угроза со стороны Карла и со стороны Италии. Совет этот был принят и оказался гибельным: в скором времени ромеи были не в состоянии защититься не только от венецианцев и генуэзцев, но и от пиратов, которые чрезвычайно усилились и сделались грозой всех островов и прибрежных городов. С другой стороны, после мятежа, поднятого в Азии Филанфропином и поддержанным его войском, Андроник стал очень подозрительно относиться к ромейской армии. По словам Григоры, одни римские вожди находились под несправедливым подозрением, другие встречали в императоре одну холодность. Гораздо охотнее он пользовался услугами наемников. Но, сделав выбор в пользу иноземцев, он только показал свою недальновидность. Собственная национальная армия вскоре перестала существовать, а наемники превратились в настоящее бедствие для государства — складывалось впечатление, что вместо того, чтобы держать врагов на границах, император пригласил их внутрь страны. Сначала для войны против турок Андроник нанял 10 000 алан. Чтобы их снарядить и вооружить, он обложил тяжелыми податями всю страну. Но, едва дело дошло до битвы, аланы обратились в бегство, а затем своими набегами и разбоями превратили Азию в настоящею пустыню (Григора: 6; 1, 3, 8, 10). Турки между тем вышли к морю и укрепились на его берегах. В 1303 г. император нанял 2000 каталонцев во главе с Рожером де Флор. Едва этот знаменитый кондотьер прибыл в Константинополь, Андроник выдал за него свою племянницу Марию и возвел его в достоинство великого дукса, а потом кесаря. Денежные издержки на одежду, подарки и годовое содержание каталонцев были до того огромны, что государственная казна в короткое время опустела. Явившись в Азию, весь этот сброд стал угнетать ромеев ничуть не хуже турок. Правда, в сражении при Филадельфии Роже нанес туркам жестокое поражение и изгнал их за старые границы империи, но скоро пришло известие, что наемники бесчинствуют в отвоеванных городах. Андроник знал об этом, но .ничего не мог поделать: его собственные полки возбуждали смех своей малочисленностью. Ограбив всю Азию, Рожер переправился во Фракию. В 1305 г. он был убит по приказу Михаила, сына Андроника. Но его смерть положила начало гораздо большим бедствиям. Каталонцы перерезали всех ромеев в Каллиуполе и, укрепив стены, превратили его в свое убежище. Отсюда они стали делать набеги на Фракию, опустошая ее днем и ночью. Армия Михаила была наголову разбита ими под Апрами. Наконец, когда все окрестные земли были разорены, каталонцы переправились в Грецию, захватили Афины и Фивы и поселились там. После их ухода страну стали разорять турки, которые, переправляясь через Босфор, грабили и захватывали то, что еще осталось целым. Михаил, вступив с ними в сражение неподалеку от Геллеспонта, опять потерпел поражение. Вообще, хотя Михаил и был никуда не годным полководцем, он всегда оставался примерным сыном, и под его защитой Андроник, человек любезный и кроткий, мог спокойно отдаваться ученым занятиям в Константинополе (Григора: 7; 1, 3—4, 7, 13).
Гораздо хуже пошли его дела, когда в 1320 г. Михаил скоропостижно скончался. После него остался сын, тоже Андроник, непутевый молодой человек, которого дед поначалу безмерно баловал, а потом, когда его пороки стали совершенно нестерпимы, попытался заключить в темницу. В 1321 г. Андроник Младший бежал во Фракию и поднял там мятеж. Так как он обещал свободу от налогов всем фракийским городам, в короткое время под его знамена стеклась огромная армия. (Потеряв надежду победить турок, император откупался от них ежегодной данью, для уплаты ее ему приходилось постоянно увеличивать поборы с населения, в конце концов они сделались совершенно нестерпимыми.) Когда Андроник Младший явился с этим войском под стенами столицы, император, понимая, что городская чернь не останется в покое и взбунтуется, если увидит перед городскими воротами мятежников, пошел на значительные уступки. Договорились, что Андроник Младший будет самодержавно управлять Фракией и Македонией. За стариком остались столица с округой, острова и право принимать зарубежных послов. Так как из-за отпадения северных территорий поступления в казну сократились, Андронику для изыскания средств пришлось продать украшения древних императоров. В 1325 г. Андроник Младший во второй раз подступил к столице с фракийским войском, принудил деда объявить его соправителем и венчать на царствие (ГригОра: 8; 6. 10, II, 14).
В 1328 г. началась третья гражданская война. Близ Мавропотама фракийцы разбили столичные войска, после чего и простой народ, и синклитики, и даже близкие Андроника II перешли на сторону победителя. Стража открыла перед ним ворота столицы. Глубокой ночью старик-император вдруг услыхал шум и крики, вскочил с постели и стал звать на помощь, но никто не пришел К нему. Поняв, что его предали, он как за последнюю надежду ухватился за икону Божьей Матери. Андроник готовился к самому худшему, но внук, войдя в покои, обнял и поцеловал деда. Старику были оставлены знаки царского достоинства, разрешено было оставаться в покоях, но от участия в делах он был отстранен совершенно. От печали Андроник потерял прежнюю бодрость тела и сперва стал худо видеть одним глазом, а через некоторое время ослеп и на второй. Слуги и рабы донимали его остротами и бесстыдными ругательствами, так что он сделался игрушкой для всех. В 1328 г. Андроник III тяжело заболел и все ожидали его смерти. Старика заставили отречься от царской власти и постричься в монахи. Умер он через четыре года в бедности и крайней нужде (Григора: 9; 1, 5-8, 10, 14).