С 1992 года работал в финансовых организациях (Международный банк экономического сотрудничества, Росместбанк, банк «Агропромкредит»).
До 1992 года сотрудник КГБ СССР.
С 1992 года работал в финансовых организациях (Международный банк экономического сотрудничества, Росместбанк, банк «Агропромкредит»).
С 2000 по 2005 год председатель правления банка «Агропромкредит».
С 2005 по 2008 год генеральный директор ТГК-10.
С 2008 по 2009 год первый вице-президент КЭС-Холдинга.
С 2010 по 2012 год заместитель министра энергетики.
В собственности Андрея Шишкина 15 земельных участков площадью свыше 70 га.