Депутат Верховный Рады Украины. Избирался в 2006 и 2007 годах от Блока Юлии Тимошенко (БЮТ). Первый заместитель главы фракции БЮТ. В январе 2008 года также занял должность советника премьер-министра Тимошенко. В 2006 году занимал пост главы парламентской комиссии по приватизации. В апреле-сентябре 2005 года был заместителем Службы безопасности Украины (СБУ). До этого возглавлял главное управление по борьбе с коррупцией и организованной преступностью СБУ. Кадровый офицер спецслужб, длительное время проработал в СБУ и КГБ СССР. Генерал-майор.
Андрей Анатольевич Кожемякин родился 13 ноября 1965 года в Одессе в семье потомственных чекистов. Его отец Анатолий Леонидович Кожемякин работал в КГБ, на Западной Украине: занимался "защитой государственности и борьбой с подрывными идеологическими центрами". В 1991 году, после распада СССР, отец Кожемякина возглавил главное управление по борьбе с коррупцией и организованной преступностью в только что созданной Службе безопасности Украины (СБУ). При этом его кандидатуру утвердила специальная комиссия, куда входили многие известные украинские диссиденты, в том числе бывший политзаключенный Степан Хмара. Отец Кожемякина стал одним из создателей СБУ и получил звание генерал-лейтенанта.
В 1986 году Кожемякин окончил Киевское высшее военно-морское политическое училище. Затем до 1988 года служил лейтенантом на Черноморском флоте СССР в частях морской разведки, которые занимались подводными диверсиями: был офицером-водолазом. В 1988 году окончил школу КГБ в Новосибирске, после чего служил в Севастополе в особом отделе. В 1991 году перешел на работу в СБУ. Одновременно учился в Киевском госуниверситете имени Тараса Шевченко, который окончил в 1996 году. В СБУ Кожемякин был оперуполномоченным, начальником отдела и начальником одной из служб. В 2002 году, по его словам, участвовал в ликвидации преступной наркогруппировки, в которую входили украинские и американские граждане, а также граждане ряда стран Европы. За проведение этой операции досрочно получил звание полковника.
Известно, что к 2005 году Кожемякин получил звание генерал-майора и возглавил главное управление по борьбе с коррупцией и организованной преступностью СБУ (управление "К"), которое ранее возглавлял его отец. В апреле-сентябре 2005 года Кожемякин занимал пост заместителя Александра Турчинова, одного из лидеров "оранжевой революции" 2004 года, назначенного главой СБУ в феврале 2005 года. Кожемякин поддерживал с Турчиновым дружеские отношения. В сентябре 2005 года Турчинов покинул СБУ в знак протеста против отставки правительства Юлии Тимошенко. Кожемякин также уволился из Службы безопасности Украины, но остался внештатным советником Игоря Дрижчаного, возглавившего это ведомство.
26 марта 2006 года на парламентских выборах Кожемякин был избран народным депутатом Украины по списку Блока Юлии Тимошенко (БЮТ). Наблюдатели отмечали, что 26 марта, в день выборов, заместитель генерального прокурора Украины Виктор Шокин заявил о возбуждении двух уголовных дел. Первого - по факту уничтожения материалов дела СБУ о деятельности бизнесмена Семена Могилевича, второго - по факту незаконного прослушивания телефонных разговоров корреспондента газеты "Сегодня" Александра Корчинского. Свидетелями по данным делам проходили Кожемякин и Турчинов. С апреля 2006 года Кожемякин проходил по делу о прослушивании Корчинского как подозреваемый. Телефонные разговоры Корчинского СБУ начала записывать после публикации им статьи о пребывании в Израиле бывшего начальника департамента внешнего наблюдения МВД Украины Алексея Пукача, подозреваемого в организации убийства журналиста Георгия Гонгадзе. 30 июня 2006 года Печерский районный суд Киева, рассмотрев жалобу Турчинова, отменил постановление о возбуждении уголовного дела по факту уничтожения материалов дела Могилевича. 11 октября 2006 года тот же суд признал незаконным возбуждение уголовного дела в отношении Кожемякина, постановив, что прослушивание осуществлялось на законных основаниях. О ходе этих судебных процессов журналистов информировал руководитель юридического департамента БЮТ Андрей Портнов. В итоге генеральный прокурор Украины Александр Медведько даже извинился перед Турчиновым и Кожемякиным.
В Верховной Раде Украины Кожемякин вошел в следственную комиссию для расследования обстоятельств и причин гибели Гонгадзе. Кроме того, он возглавил специальную комиссию по приватизации. На этом посту Кожемякин добивался наложения вето на план приватизации на 2007 год, предложенный главой Фонда государственного имущества (ФГИ) социалисткой Валентиной Семенюк. В декабре 2006 года президент Украины Виктор Ющенко ветировал перечень объектов приватизации на 2007 год после того, как их утвердила Верховная Рада.
На досрочных выборах в сентябре 2007 года Кожемякин вновь получил депутатский мандат по списку БЮТ. В парламенте он стал первым заместителем главы фракции БЮТ и членом комитета по законодательному обеспечению правоохранительной деятельности. В январе 2008 года, после того как Тимошенко вновь стала премьер-министром Украины, Кожемякин стал ее советником на общественных началах.
В феврале 2008 года Тимошенко отстранила Семенюк от исполнения обязанностей главы ФГИ, назначив Портнова исполняющим обязанности руководителя ведомства. Однако президент Ющенко отменил это решение. Впоследствии СМИ сообщали, что в марте, возможно, было возбуждено уголовное дело против Семенюк в связи с незаконной приватизацией завода "Арсенал". В мае Генпрокуратура возбудила уголовное дело уже в отношении Портнова в связи с попыткой незаконной приватизации Одесского припортового завода. 5 июня 2008 года Портнов отказался от попыток возглавить ФГИ. После этого фракция БЮТ заявила о намерении предложить на должность руководителя ФГИ кандидатуру Кожемякина.
Кожемякин проживает в Киеве. Беспартийный. Женат. Его дочь Дарья - студентка факультета журналистики Киевского национального университета. В октябре 2007 года она вышла замуж за Романа Коржа - сына народного депутата Украины Виталия Коржа. Зять Кожемякина возглавляет киевское представительство российской юридической фирмы "Барщевский и Партнеры". Кожемякин любит театр и оперу, также увлекается восточной философией и восточными единоборствами, имеет разряд мастера спорта по рукопашному бою.