Директор Научно-исследовательского института коронарной и сосудистой хирургии НЦССХ имени А. Н. Бакулева Российской академии медицинских наук, член-корреспондент Российской Академии медицинских наук, доктор медицинских наук, профессор. Заслуженный деятель науки Российской Федерации.
В 1963 году А. И. Малашенков окончил Ташкентский медицинский институт. Врачебную деятельность начал в Ташкентской клинической больнице неотложной помощи.
В 1966 году переехал в Москву, где стал врачом-ординатором отделения хирургического лечения приобретенных пороков сердца в Институте сердечно-сосудистой хирургии АМН СССР. С этим институтом оказалась связана вся дальнейшая профессиональная деятельность А. И. Малашенкова на протяжении более 40 лет. В 1982 году защитил докторскую диссертацию по теме «Сравнительная оценка методов защиты миокарда при операциях с искусственым кровообращением».
В 1995—2001 годах руководил отделением неотложной хирургии отдела хирургического лечения приобретённых пороков сердца.
В последние годы А. И. Малашенков являлся заместителем директора по научной работе Научного центра сердечно-сосудистой хирургии им. А. И. Бакулева РАМН и одновременно возглавлял Институт коронарной и сосудистой хирургии.
А. И. Малашенков стал одним из основоположников хирургии приобретённых пороков сердца в СССР. Он явился одним из разработчиков интраоперационной кардиологической защиты миокарда и проблемы реконструктивной хирургии клапанной патологии сердца. Основал новое направления в российской сердечно-сосудистой хирургии — хирургическое лечение аневризм восходящего отдела и дуги аорты. Под его руководством и при непосредственном участии была разработана тактика хирургии острого расслоения восходящей аорты.
А. И. Малашенков владел уникальной хирургической техникой и выполнял самые сложные операции у больных, страдавших клапанной патологией сердца. Впервые в нашей стране он выполнил уникальную операцию по протезированию восходящего отдела аорты ксеноперикардиальным кондуитом (1991), а также операцию одномоментного протезирования восходящего отдела аорты по методу Бентала де Боно в сочетании с резекцией коарктации аорты (1996). Одним из первых в России А. И. Малашенков разработал и внедрил операции многоклапанного протезирования и комбинированного лечения приобрётенных пороков сердца с ишемической болезнью. Являлся ведущим специалистом в России по проблеме лечения опухолей сердца.
А. И. Малашенков — автор более 250 научных работ, в том числе 3 монографий, имеет 2 изобретения и 2 рационализаторских предложения.
Являлся членом Европейского общества сердечно-сосудистых хирургов, почётным членом Кардиохирургического общества Украины.
Указом Президента Российской Федерации от 3 марта 2010 года № 260 за большой вклад в развитие здравоохранения, медицинской науки и многолетнюю добросовестную работу заместитель директора НЦССХ им. А. Н. Бакулева директор Института коронарной и сосудистой хирургии РАМН А. И. Малашенков награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Умер 29 марта 2012 года после тяжёлого продолжительного заболевания.
орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2010)
орден Почёта (2004 год, за вклад в развитие отечественной кардиохирургии)
Орден имени Н. И. Пирогова (2006)
Государственная премия Российской Федерации (2002, за разработку основных положений проблемы хирургического лечения аневризм восходящего отдела и дуги аорты)
Премия имени А. Н. Бакулева
Серебряная медаль ВДНХ
Заслуженный деятель науки Российской Федерации
«Отличник здравоохранения»
медаль «В память 800-летия Москвы»