Врач, общественный деятель, городской голова г. Томска (1902-1905 гг.), депутат первой Государственной думы от Томской губернии (1906 г.), участник Выборгского совещания, один из подписавших воззвание "Народу от народных представителей".
Окончил духовное училище, затем 4 класса духовной семинарии. Продолжил образование на естественном отделении Петербургского университета. Однако через два года он перевелся в Медико-хирургическую академию, которую закончил в 1881 году, получив степень лекаря.
По окончании Академии два года работал земским врачом в больнице с. Еланское Ирбитского уезда Пермской губернии.
В 1883 году брат, Алексея, П.И. Макушин вынес на заседание городской думы вопрос об открытии в Томске бесплатной больницы для бедных. После длительного обсуждения, дума приняла проект "Положения о враче и лечебнице" и постановила выделить на устройство лечебницы три тысячи рублей.
В связи с этим был объявлен конкурс желающих занять место врача лечебницы. Откликнулись двое: врач из Барнаула и Алексей Иванович Макушин. 3 июня 1883 года дума большинством голосов (30 против 10) избрала Макушина, учитывая его опыт организации больницы в с. Еланском, под Ирбитом.
Четыре года А.И. Макушин возглавлял первую и единственную в Сибири больницу для бедных. 43718 первичных больных побывали в его лечебнице. Но постоянные трения с думой из-за мизерных сумм, выделяемых городским самоуправлением на лечебницу, заставили его в 1887 году покинуть этот пост и заняться частной практикой.
После ухода из лечебницы уехал в Петербург, где в течение года работал в столичных больницах и клиниках.
Одновременно с частной практикой, с 1892 года А.И. Макушин исполнял обязанности врача духовного и женского епархиального училищ, и с декабря 1889 по май 1901 года - сверхштатного врача при управлении Томского почтово-телеграфного округа.
Частная практика дала возможность А.И. Макушину не только безбедно существовать самому, но и оказывать реальную помощь престарелым родителям. В селе Пышлинском, где отец Алексея Ивановича, Иван Макушин тридцать лет служил дьяконом в местной церкви, на средства Макушина-младшего был выстроен двухэтажный полукаменный дом, крытый железом, со всеми надворными постройками.
В 1909 году, после смерти родителей, А.И. Макушин передал дом родителей библиотеке-читальне, а также яслям, в которые принимались деревенские дети в летнее время. Нашлось в этом доме и место для богадельни.
С июля по ноябрь 1900 года находился на военной службе в Сибирском пехотном полку.
Свой врачебный опыт А.И. Макушин обобщил в учебниках "Курс гигиены для средних учебных заведений, как пособие при гигиенических беседах с учащимися" (переиздавалось 4 раза) и "Глазные болезни", изданных в начале XX столетия. Также он явился одним из создателей Общества практических врачей в Томске.
В 1897 и 1900 годах избирался почетным мировым судьей Томского округа, а в 1894-1898, 1902-1906 годах - гласным томской городской думы.
Профессиональный и нравственный авторитет А.И. Макушина среди жителей города был так высок, что 13 января 1902 года городская дума избрала его городским головой. Алексей Иванович становиться первым главой томского самоуправления не купеческого звания.
Под руководством А.И. Макушина городскому самоуправлению удалось сделать шаг вперед в развитии и благоустройстве Томска: почти в 2 раза увеличился городской бюджет (с целью его регулярного пополнения был приглашен ученый специалист для заведования земельным хозяйством), был построен водопровод, началось систематическое мощение улиц, открылось несколько начальных школ и 2 больницы.
С началом русско-японской войны 1904-1905 годов городское самоуправление под руководством А.И Макушина занималось проблемами мобилизации, организовало прием и помощь раненым.
Придерживался либеральных взглядов. С образованием в Томске 25 ноября 1905 года губернской организации конституционно-демократической партии он, наряду с профессорами Томского технологического института и Томского императорского университета Е. Зубашевым, И. Малиновским, М. Соболевым, становиться членом партии "Народной свободы".
Революционные события 1905 – 1907 гг. в Европейской части Российской империи не обошли стороной и Томск. 18 октября 1905 года собравшихся на митинг возле Коммерческого училища на Соляной площади учащихся средних учебных заведений и горожан разогнали нагайками казаки и полиция. В тот же вечер состоялось чрезвычайное заседание городской думы под председательством А.И. Макушина.
Гласные думы потребовали от губернатора немедленного устранения от должности городского полицмейстера и предания его суду, а также удаления из Томска казаков. В случае неудовлетворения этого требования члены думы пригрозили послать телеграмму в Петербург с просьбой об увольнении самого губернатора. Также, было решено прекратить городское ассигнование на содержание полиции и начать создание собственной милиции для охраны и защиты населения города.
Впоследствии в Петербург был направлен донос начальника томского гарнизона Ризенкампфа, перепечатанный газетой "Русь". Ризенкампф писал, что во время октябрьских событий в Томске, городской голова и другие члены думы требовали устранения всех правительственных органов власти, а также удаления войск из города.
Губернатор Азанчеев-Азанчевский, имея телеграфное распоряжение министра внутренних дел Трепова о подавлении всяких выступлений, распорядился по-своему. В Томске был организован черносотенный погром, длившийся три дня (20-23 октября), в результате которого было убито и ранено несколько десятков человек.
Погромщики разгромили дом А.И Макушина. Семье городского головы, вовремя предупрежденной, удалось скрыться.
Сам А.И. Макушин уехал в Петербург, откуда прислал в томскую городскую думу письмо с просьбой освободить его от обязанностей городского головы. 21 января 1906 года прошение было удовлетворено.
3 марта 1906 года на собрании томского отделения конституционно-демократической партии был избран в число лиц, "проводимых партией в Государственную думу".
7 мая 1906 года съездом городских избирателей Томска был избран (3329 голосами из 5191 явившегося на выборы) выборщиком для участия в Томском губернском избирательном собрании, на котором 30 мая 1906 года стал депутатом первой Государственной думы от Томской губернии (54 избирательными шарами против 32 неизбирательных).
Томская делегация, сформированная в последних числах мая 1906 года, добралась до столицы и включилась в работу Государственной думы только во второй половине июня, тогда как ее открытие состоялось еще 27 апреля. К тому времени кроме томичей из Сибири прибыли депутация Тобольской губернии и один представитель из Красноярска.
А.И. Макушин работал в Государственной думе не больше двух недель, но и в этот короткий срок вполне проявил себя как инициативный депутат и защитник интересов Сибири.
В стенографических думских отчетах зафиксировано семь его выступлений, четыре из них связаны с необходимостью расширения представительства сибирской группы депутатов в комиссии по аграрному вопросу с 4 человек до 5-6, одному из центральных в работе Думы.
Одно из выступлений Алексея Ивановича посвящено черносотенным погромам в Белостоке и Томске.
При участии А.И. Макушина составлен депутатский запрос в МВД о возвращении высланных из Томска директора технологического института Е. Зубашева и преподавателей Кижнера, Тираспольского, Бондюкова, Козьмина.
В одном из выступлений А.И. Макушин выразил свое отношение к Думе, которая, он верил, "добьется условий развития всех сил русского народа".
После роспуска Государственной думы стал участником Выборгского совещания и подписался под воззванием "Народу от народных представителей", за что был привлечен к следствию и подвергнут 3-месячному заключению в тюрьме, а соответственно, был лишен политических прав.
В связи с этим по требованию властей 2 ноября 1906 года А.И. Макушин был исключен из списка гласных томской городской думы.
Неоднократно участвовал в заседаниях Сибирской парламентской группы, организованной депутатами-сибиряками во II, III IV Государственной думе, которые привлекали к работе в группе проживающих в Петербурге сибиряков "могущих быть полезными" для разработки законопроектов, касающихся Сибири и Дальнего Востока. Несколько раз избирался председательствующим на этих заседаниях.
Вернувшись в Томск, он возглавил Томское общество взаимного страхования, затем - кредитное общество, руководил комитетом по постройке Дома науки им. П.И. Макушина.
Летом 1914 года А.И. Макушин уехал из Томска в Петроград, где был избран председателем правления центрального банка Общества взаимного кредита. Больше в Томск не возвращался.
В 1917 году был выдвинут кандидатом в члены Учредительного собрания по Томскому избирательному округу от партии народной свободы (Список № 5).
Умер 7 января 1927 от рака крови в г. Ленинграде.
Награды: ордена Святого Станислава 3 степени (1896), Святой Анны 3 степени (1900).