Из древнего княжеского рода Рюриковичей. Родился в семье пред. уездной земской управы. Брат акад. АН СССР Алексея Алексеевича Ухтомского, В 1895 окончил Московскую. духовную академию, канд. богословия, принял монашество. С дек. 1913 епископ Уфимский и Мензелинский (г. Мензелинск Уфимской губ.). Выступал за свободу вероисповеданий. Сторонник кадетов.
Председатель Восточно-русского культурно-просветительского общества, созданного им в Уфе в 1916. Основатель журнала при обществе - "Заволжский Летописец" (Уфа. 1916-1918). Вёл аскетический образ жизни, был прост и доступен. Пользовался широкой популярностью. Один из немногих иерархов церкви, кто в печати выступал против Г.Е. Распутина, предупреждая царя, что тот ввергнет Россию в беду.
Приветствовал Февральскую революцию 1917, видя в ней возможность освобождения церкви от государственной опеки. Отказался от назначения на пост митрополита Петроградского, т.к. был сторонником выборности духовных лиц. 14 апреля включен в новый состав Св. Синода. В посвященной Андрею статье "Епископ-демократ" Н.Н. Брешко-Брешковский (сын Е.К. Брешко-Брешковской) привёл его слова о том, что после встречи Андрея в начале мая с А.Ф. Керенским они "нашли общий язык", между ним "и министром-социалистом создались какие-то общие нити" ("Уфимский Вестник", 1917, 26 мая). По словам митрополита Евлогия, Андрей "прогремел на всю Россию своим либерализмом" (Евлогий, Путь моей жизни, Париж, 1947, с. 289). Вдохновитель первого русского церковно-приходского кооператива с "заботой о бедняках" (открыт 1 июля при уфимской вокзальной Никольской церкви).
Поддерживал курс Временного правительства на продолжение войны. В начале августа опубликовал "Открытое письмо министру-председателю А.Ф. Керенскому", в котором писал, что "теперь мы переживаем... сплошное распутинство... Нужна сильнейшая власть! Но эта власть должна быть в руках людей, понимающих "религиозную психологию народа"" (слова Керенского из беседы с Андреем в мае). Андрей предлагал Керенскому идти "прямо в народ и к народу", опираться на "людей беспартийных и непременно верующих", "народность министров и любовь их к родине немедленно почувствуется народом, и Россия будет спасена!". Советовал на московском Государственном совещании создать беспартийное "Московское министерство спасения отечества", обещав что оно получит благословение открывающегося 15 августа Всероссийского церковного Собора ("Уфимские Епархиальные Ведомости, 1917, № 15/16, с. 434-38). В сентябре высказался за прекращение всяких контактов с государственными органами Российской Республики, считая, что ими ведётся антицерковная политика. В октябре выдвинут кандидатом в члены Учредительного Собрания.
В ноябре, после Октябрьского переворота, заявил: "Родина наша, весь русский народ, сбитый с толку, переживает ныне последние недели своего бытия. Кончается одна страница русской истории и начинается страшная другая.." ("Заволжский Летописец", 1917, N 22, с. 619-20). Это событие Андрей первое время оценивал как заговор герм. Генштаба и призывал бороться с немецко-еврейским заговором, орудием к-рого являлся, по мнению Андрея, большевизм. На заседании Правления Советов церквей Уфы 17 дек. выступил за отделение церкви от гос-ва.
11 янв. 1918 на заседании Вост.-рус. культ.-просвет. об-ва допустил (вопреки протестам присутствующих) выступление двух большевиков и вынес заключение о том, что это совершенно рус. люди, честно заблуждающиеся и ведомые преступной рукой, выразил уверенность в возможности исправления большевиков. Выступил против декрета СНК об отделении церкви от гос-ва и школы от церкви (20 янв.), считая, что он ограничивает воздействие православия на об-во, а также против заключения Брестского мирного договора. В ст. "О власти императорской и советской", опубликованной в мае (там же, 1918, N 7), высказался резко против большевиков; Сов. власть, по мнению Андрея, вновь утверждала деспотизм как форму гос. управления; обвинял новую власть в том, что она направлена против народа, церкви и не способна установить порядок в стране и сохранить целостность Рос. гос-ва.
1 июля 1918, за неск. дней до оставления Сов. властью Уфы, заявил, выступая в церкви, что "большевизм призывал богатых помочь бедным. И в этом он вполне прав. Единств, ошибку он допустил в том, что средством для достижения этой хорошей цели он признал насилие. Но никогда нельзя сделать добра дурными средствами. Вот и большевизм, хотя и имея хорошую цель, но принципиально признав для осуществления её дурное средство - насилие, и превратился в сплошное злое безобразие" (там же, 1918, N 9).
Был членом созданного осенью 1918 Сиб. Врем. Высшего церк. управления, руководил духовенством 3-й армии А.В. Колчака. После разгрома белых арестован в февр. 1920 в Новониколаевске. Осенью выступил с заявлением о лояльности к Сов. власти и просьбой об освобождении, вскоре освобожден и уехал в Уфу. Неоднократно подвергался арестам и ссылке. Расстрелян по решению "тройки" Управления НКВД Ярославской обл. Реабилитирован в 1989.