Альберто Фухимори родился в столице Перу Лиме в 1938 году в семье японских иммигрантов. Таким образом, сам является японцем по национальности. По вероисповеданию католик.
В 1961 году закончил Национальный сельскохозяйственный университет по специальности агроинженерия. В 1969 году получил степень магистра математики в Университете штата Висконсин, США.
В 1980-х гг. возглавлял естественнонаучный факультет в Национальном университете. Вел телевизионное ток-шоу "Соберемся вместе", где и создал себе репутацию политического аналитика.
В 1989 году основал политическую партию "Перемена '90". Лозунгом партии стала триада "Честность, техника, труд". Фухимори умело провел предвыборную компанию, пользуясь своими знаниями в аграрном секторе, посещая отдаленные деревни и общаясь с крестьянами. Таким образом, Фухимори удалось победить всеобщего фаворита, либерала, писателя Марио Варгаса Льосу, не говоря уже о давно дискредитированном социалистическом правительстве Алана Гарсии. В 1990 году Фухимори стал президентом Перу.
Унаследовал страну в состоянии тяжелого кризиса: хаос в экономике и управлении, гиперинфляция, коррупция, наркобизнес, партизанские мятежи. Фухимори попытался вернуться к свободному рынку: провел реформы в области либерализации экономики (децентрализация, денационализация, дерегуляция). Ему удалось снизить уровень инфляции и вернуть доверие иностранных кредиторов.
Активно боролся с повстанцами, для чего в частности вооружил крестьян. Это политика привела к большому числу жертв, но, в итоге, оказалась успешной. В 1992 году был пойман лидер повстанцев. Провел чистки в государственном аппарате, репрессируя недовольных его режимом.
В 1995 году был переизбран и остался на посту президента. Его правление принимало все более диктаторский характер, что поначалу объяснялось необходмостью подавить повстанцев. В результате, в Перу не осталось ни независимого суда, ни независимых политических партий и СМИ; повсеместными стали нарушения прав человека и свободы прессы.
Главной политической силой в стране стала Служба безопасности, которую возглавлял главный помощник Фухимори Владимиро Монтесинос.
В 2000 году переинтерпретировал конституцию, позволив себе остаться президентом на третий срок. Однако популярность Фухимори резко упала, в частности, в связи с ухудшением экономического положения, которое напомнило ситуацию 1990 года.
Осенью 2000 года, будучи с визитом в Японии, объявил о своей отставке с поста президента, и остался в Японии. Отставка была связана со скандалом вокруг Владимиро Монтесиноса. Монтесиноса, и президента вместе с ним, обвиняют в коррупции, отмывании денег, нелегальной торговле оружием и наркотиками. В настоящее время Фухимори продолжает находиться в Японии, - будучи японцем по происхождению, он имеет японское гражданство. Перуанский конгресс, между тем, возбудил против него уголовное дело, собирается лишить Фухимори неприкосновенности, которой пользуются экс-президенты Перу, и требовать у Токио его выдачи.