По окончании курса в медико-хирургической академии состоял на службе в санкт-петербургском городском врачебном управлении, где впервые организовал санитарную статистику.
Во время русско-турецкой войны 1877 - 1878 гг. был врачом и консультантом по санитарной части Красного Креста, после войны - председателем в дезинфекционных комиссиях Одессы, Севастополя и Николаева, а в 1880 г. был командирован в Полтавскую губернию, для борьбы с эпидемией дифтерита. Позднее был н
ачальником Феодосийского карантинного округа и старшим врачом по санитарной части на Волге. Главные труды Гюбнера: "Статистические исследования санитарного состояния Санкт-Петербурга", "Древняя и Новая Феодосия в санитарном отношении", "Самоубийства в Санкт-Петербурге", "Современное состояние вопрос